在股權收購的情形下，被收購公司的所有歷史遺留稅務問題都將被新股東承繼，實務中，可能存在的歷史遺留稅務問題通常包括：假發票、納稅申報不合規、偷稅、欠繳稅款等。如果收購方與原股東在收購合同中未涉及歷史遺留稅務問題處理的事項，由稅務稽查帶來的經濟損失只能由新股東承擔。
(二)稅務架構不合理引起的風險
尤其對於跨境並購而言，公司架構稅務籌劃非常重要，由於不同國家(地區)之間適用不同的稅收政策，並購架構會引發迥異的稅負差異。
(三)交易方式缺稅務規劃引起的風險
並購重組交易方式，可歸納為股權收購和資產收購兩種，其中，股權交易被收購公司的稅務風險將會被新股東承繼，資產交易則不會。同時，選擇資產交易將面臨動產及不動產產權變動而帶來的增值稅、營業稅以及土地增值稅等稅負。相比較而言，股權交易壹般不需要繳納流轉稅以及土地增值稅。
(四)未按規定申報納稅引起的風險
2011年以來，資本交易壹直是國家稅務總局稽查的重點，包括對收入項目和扣除項目的檢查。與此同時，針對間接股權轉讓發起的反避稅調查也越來越頻繁，涉案金額巨大案件頻出。(華律網整理)國家稅務總局下發《關於加強股權轉讓企業所得稅征管工作的通知》(稅總函[2014]318號)，通知中提出了“對股權轉讓實施鏈條式動態管理”“實行專家團隊集中式管理”“加強信息化建設”等做法，文化企業在並購重組中，股權轉讓稅務合規性風險會繼續提高。
(五)特殊稅務處理不合規引起的風險
特殊性稅務處理可以實現遞延納稅的效果，節約現金流。按規定，企業並購重組適用特殊性稅務處理要滿足“沒有避稅的目的”“收購資產或股權要大於75%”“股權支付額不低於整個交易的85%”等5個方面的條件，同時，符合條件的企業需要到稅務機關進行備案。實務中，有的企業符合上述五大條件，但沒有備案，後續也未做納稅申報，這種情況被稅務局發現會認定為偷稅。
國務院頒發的《關於進壹步優化企業兼並重組市場環境的意見》(國發[2014]14號)提出：“降低收購股權(資產)占被收購企業全部股權(資產)的比例限制，擴大特殊性稅務處理政策的適用範圍”，對於計劃並購重組的文化企業，這壹政策有望使更多並購重組文化企業適用特殊性稅務處理。
(六)間接股權轉讓被納稅調整的風險
近幾年，國家稅務總局國際司針對間接股權轉讓的納稅調整案件越來越多，最為常見的情形為境外公司通過轉讓香港控股“空殼”公司的股權轉讓內地子公司的股權。
根據國家稅務總局《關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》(國稅函[2009]698號)，在非居民企業通過轉讓壹家非居民中間控股公司的股權而間接轉讓其中國居民公司股權的情形下，如果該中間控股公司的存在僅僅為規避納稅義務而缺乏商業實質，中國稅務機關可以運用壹般反避稅原則來否定該中間控股公司的存在。