分公司註銷，總公司賬務的處理方法是總公司按合並報表的方式，以分公司凈資產與總公司賬面的撥款相抵並確認虧損。同時應將應承接的債權、債務壹並並入總公司賬內。
法律客觀：壹、分公司註銷的賬務處理1、分公司不具備獨立法人資格，其所有對外的債權債務均應由總公司承擔。但壹般分公司都是相對獨立開展業務，在註銷時應由總公司對其進行清算，並接收其資產、債權和未了結的債務。通過清算形成清算報表，確認盈虧，並報當地主管稅務機關認可，總公司據此作相應的賬務處理。2、總公司按合並報表的方式，以其凈資產（虧損額）與總公司賬面的撥款相抵並確認虧損。同時應將應承接的債權、債務壹並並入總公司賬內。3、在確認虧損時涉及總、分公司的所得稅問題，應多與稅務聯系（特別是總公司）二、分公司註銷流程是怎樣的1、公司撤銷或者公司決定撤銷分公司的，應當自撤銷決定作出之日起30日內向該分公司的公司登記機關申請註銷登記。2、註銷國、地稅稅務登記證，需要國、地稅稅務登記證、所有國、地稅有關材料和備案公章。3、自做出註銷決定之日起15日內成立清算組，公司備案申請表（公司清算組負責人簽署）、指定代表或者***同委托代理人的證明（加蓋公司公章）、股東會關於成立清算組的決議（全體股東簽署）喝公司營業執照副本復印件。4、清算組自成立之日起10日內通知債權人，保障債權人的合法債務得到履行。5、刊登註銷公告，於60日內在報紙上至少公告三次。6、清償分公司債務，到稅務部門辦理完稅證明。7、填寫註銷登記申請書，提交登記文件、證件，按約定日期領取核準通知書，註銷基本賬戶，包括公司營業執照正本（有些銀行要工商、代碼、國稅、地稅全套證件）、開戶許可證、印鑒卡、印鑒卡上預留印鑒、支票本、電匯憑證等銀行相關材料和銷戶申請書。三、分公司註銷需要備案嗎1、分公司註銷需要備案，分支機構註銷稅務登記後15日內，總機構應將分支機構註銷情況報所在地主管稅務機關備案，並辦理變更稅務登記。準備註銷登記的相關材料，由所屬公司做出決定並簽署。材料應當提交原件，提交復印件的，應當註明“與原件壹致”並由公司加蓋公章。材料準備完成後，向工商登記機關提交，如果材料符合規定，則註銷登記在2個工作日內就可以完成。2、分公司註銷登記核準後，公司持《分公司註銷登記核準通知書》到公司登記機關進行分公司撤銷備案。與此同時，也要到技術監督局註銷企業代碼證。