第壹，專業方向的不同。電氣工程及其自動化以電為主，屬於電氣範疇，強電為主，弱電為輔。從電源開關到變電站。自動化偏向於控制技術，屬於自動化範疇，有強電也有弱電。從樓宇門禁到軌道交通信號控制，都屬於自動化專業領域。
第二，包含關系。自動化包括電氣自動化的壹些專業方向，自動化的專業方向比較寬，電氣自動化的方向比較窄。
電氣工程及其自動化主幹課程:電路原理、電子技術基礎、電機學、電力電子技術、電氣傳動與控制、計算機技術、信號與系統、控制理論等。
擴展數據:
電氣工程及其自動化就業；
電氣工程專業的畢業生大多選擇在電力系統及相關領域找工作。電力系統單位主要包括:發電企業、供電企業和電氣設備制造企業。此外，還包括電力設計院、電力規劃院、電力建設、電力研發等部門。
中國現有的大型國有發電集團有:中國華能集團、中國大唐集團、中國華電集團、中國國電集團、中國電力投資集團；電網公司包括:國家電網公司、南方電網公司；電氣設備制造商包括:上海電站、新疆TBEA等。部分畢業生也選擇在跨國公司等外企工作，如西門子、ABB、施耐德、阿海琺、維斯塔斯等。
電力行業的快速發展為本專業畢業生提供了大量的就業機會和工作崗位。2007年，全國電力工業繼續保持快速健康增長的勢頭，全國電力裝機容量超過7億千瓦。
電網建設方面，川滬±800千伏直流示範工程開工建設；三峽輸變電工程全面建成並通過國家驗收。220kV及以上輸電線路回路長度為415km，220kV及以上變電設備容量為18848kVA。
參考資料:
百度百科——電氣工程及其自動化