綜合所得年度匯算不補稅可能面臨稅務行政處罰，並計入個人納稅信用檔案。1、2000元以下，2000以上1萬元以下罰款:稅收征管法第六十二條-納稅人未按照規定期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，有稅務機關責令限期改正，可以處2000元壹下的罰款。情節嚴重的，可以處2000元以上1萬元以下的罰款，並追繳稅款、加征滯納金。2、不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款:稅收征管法第六十三條-如納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。3、五萬元以下的罰款:稅收征管法第六十四條-納稅人編造虛假計稅依據的，由稅務機關責令限期改正，並處五萬元以下的罰款；納稅人不進行納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍壹下的罰款。
如果納稅人屬於需要退稅的情形，是否辦理年度匯算申請退稅是納稅人的權利，無需承擔任何責任。如納稅人需要補稅(符合規定的免予匯算情形除外)，未依法辦理綜合所得年度匯算的，可能面臨稅務行政處罰，並記入個人納稅信用檔案。
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法律依據:
《中華人民***和國個人所得稅法》第十壹條
居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。