分公司如果是非獨立核算的，就會合並在總公司壹起帳務處理。
稅務上如果獨立核算的，那麽兩家企業屬關聯企業，在所得稅清交時要吉算清相互間的那本費用帳，親兄弟要明算帳。
如果帳務處理不準確，國稅有權按公允價格對企業的帳務進行調整，從而調整應納稅所得額。
根據《增值稅暫行條例實施細則》第四條第六款規定：將自產、委托加工或者購進的貨物作為投資，提供給其他單位或者個體工商戶，應該視同銷售。
因此，股東以非貨幣性資產投資入股，需按照適用稅率繳納增值稅。
特殊情形
根據《關於納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第13號）：
納稅人在資產重組過程中，通過合並、分立、出售、置換等方式。
將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力壹並轉讓給其他單位和個人，不屬於增值稅的征稅範圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅。
契稅
根據《中華人民***和國契稅暫行條例細則》（財法字[1997]52號）第八條：土地、房屋權屬以下列方式轉移的，視同土地使用權轉讓、房屋買賣或者房屋贈與征稅：（壹）以土地、房屋權屬作價投資、入股。
根據《中華人民***和國契稅暫行條例》（國務院令國務院令224號）第三條：契稅稅率為3—5％。契稅的適用稅率，由省、自治區、直轄市人民政府在前款規定的幅度內按照本地區的實際情況確定，並報財政部和國家稅務總局備案。
所得稅
（壹）企業法人
根據《關於非貨幣性資產投資企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2014〕116號）第二條：企業以非貨幣性資產對外投資，應對非貨幣性資產進行評估並按評估後的公允價值扣除計稅基礎後的余額，計算確認非貨幣性資產轉讓所得。
（二）自然人
根據《國家稅務總局關於個人非貨幣性資產投資有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2015]41號）：
壹、個人以非貨幣性資產投資，屬於個人轉讓非貨幣性資產和投資同時發生。對個人轉讓非貨幣性資產的所得，應按照“財產轉讓所得”項目，依法計算繳納個人所得稅。
二、個人以非貨幣性資產投資，應按評估後的公允價值確認非貨幣性資產轉讓收入。非貨幣性資產轉讓收入減除該資產原值及合理稅費後的余額為應納稅所得額。