分公司開出發票，對方打款打到總公司，這種情況最終會出現三角債務關系，所以最好的辦法是讓總公司將款退回，讓對方重新打款到分公司的賬上，否則對方賬戶上也要掛有分公司和總公司的帳。
另壹可行辦法就是出壹份三方收款證明，總公司和分公司掛往來帳。具體如下：
分公司開票掛客戶應收，做
借：應收賬款-XX
貸：主營業務收入
應交稅費-應交增值稅(銷項稅額)
當客戶打款到總公司時，分公司做
借：其他應付款-內部往來
貸：應收賬款-XX
總公司做
借：銀行存款
貸：其他應收款-內部往來
擴展資料如果總公司已繳納各項稅款，分公司不在重復繳納
借：銀行存款
貸：其他業務收入
1、開發票時掛分公司往來賬。
2、總公司匯款進來掛總公司往來賬。
3、分公司出具壹個委托總公司付款證明，妳根據這個證明調整總公司往來至分公司平賬。
營業外收入指企業發生的與生產經營無直接關系的各項收入。它主要包括下列內容：⑴固定資產盤盈⑵處置固定資產凈收益⑶非貨幣性交易收益⑷出售無形資產收益⑸罰款凈收入⑹因債權人原因確實無法支付的賬款⑺教育費附加返還款。
其他業務收入是指企業除商品銷售以外的其他銷售及其他業務所取得的收入。它包括材料銷售、技術轉讓、代購代銷、固定資產出租、包裝物出租、運輸等非工業性勞務收入。
百度百科-主營業務收入