1、稅務局辦理
（1）在當地稅務局指定的報刊媒介進行刊登公告丟失發票的份數及納稅人的名稱，並聲明作廢。
（2）去當地事務局填報《發票丟失被盜登記表》
（3）持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回
2、開票軟件辦理
（1）進入電子稅務局，點擊我要辦稅，然後點擊發票使用
（2）點擊發票驗舊，然後把丟失的作廢發票進行驗舊
（3）返回首頁，點擊事項辦理
（4）點擊發票
如果已開具專用發票的發票聯和抵扣聯都丟失了
1、如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的有關證明單作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；
2、如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件進行認證，認證相符後可以和如果丟失前已認證相符的壹樣用證明單作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
需要註意的是，專用發票記賬聯復印件和有關證明單（《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》）需要留存以供備查。
如果丟失的是已開具專用發票的抵扣聯丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查；如果沒認證相符的，可使用專用發票發票聯認證，並且把發票聯復印件留存以供備查。如果丟失的是已開具專用發票的發票聯。可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，並且把抵扣聯復印件留存以供備查。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》 第二十壹條 稅務機關是發票的主管機關，負責發票印制、領購、開具、取得、保管、繳銷的管理和監督。單位、個人在購銷商品、提供或者接受經營服務以及從事其他經營活動中，應當按照規定開具、使用、取得發票。發票的管理辦法由國務院規定。