此時，他再次上書北洋大臣李鴻章，提出應對朝鮮問題的策略。上策是:“利用朝鮮內部形勢，趁日本尚未敢吞朝鮮，列強尚未深入，我國政府應立即收拾朝鮮，建省。”上策是:“敞開大門，避免與日本或沙俄帝國對抗，幹脆約上英美德法俄日意保護朝鮮。”他的建議應該說是應對朝鮮困難的良策。可惜當時的清政府，除了李鴻章之外，大多是孤陋寡聞，所以擱置了他的建議。
從光緒十四年(1888)開始，朝鮮開始發生變化。除了上文提到的向美國和歐洲派遣全權大使之外，它還準備以關稅作為抵押向列強借錢。朝鮮的外交和關稅本來就是中國管的，所以無異於挑戰中國的宗主權。當時天主教勢力深入朝鮮，保守派長期反對天主教，煽動民眾說天主教徒煮小孩，激起民眾反抗，攻擊教堂，毆打殺害基督徒。俄、法、美、日都調兵自衛，袁世凱也調海軍入京。漢王突然宣布邀請俄、法、美、日的軍隊入宮保護，對清政府是壹個嚴重的打擊。袁世凱壹方面要求北洋大臣嚴正申斥漢王，壹方面敦促漢王身邊的親中派勸阻漢王。此時，美俄駐韓大使都將袁世凱視為嚴重障礙。第二年，朝鮮派往美國的全權大使樸丁洋返回韓國，韓國國王計劃派遣樸丁洋擔任外交部長，這無異於宣布外交的親美路線。袁世凱全力反對，閔妃卻壹心要實現樸當外交大臣的計劃。袁世凱曾讓陳晗鄭炳夏向汪涵匯報，說:樸丁洋作為外交大臣從未得到清廷的認可和容忍，要求汪涵懸崖勒馬，不聽小人之言，影響大局。袁知道，在這件事上，閔妃是最執著的。他勸不動她，卻找到了救命恩人洪在義，讓洪去勸阻閔妃，最終達到了目的。至於朝鮮政府收回關稅的意圖，受到了列強的鼓勵，以為可以用關稅抵消外債，於是自行更換了稅務總局。所有這些跡象表明，朝鮮正在發生變化，列強們正在利用這些情況來得寸進尺。
光緒十六年(1890)，朝鮮的趙去世。趙太妃，前王昭宗的貴妃，享年80歲。她經歷了朝鮮的四個朝代，代表了朝鮮的舊傳統，致力於重新詮釋中國的認識論命題，反對宗教神學觀念。在當時影響很大。，很受韓國人歡迎。閔妃雖擅權位，但礙於老太太是妾，不敢放肆。趙死後，閔妃更加猖狂。她覺得丈夫沒有固定的主見，和他討論國家大事時經常聽大臣的意見，違背了她的決定。因此，她認為最好是讓國王不聽政治，讓她為所欲為，因為她最怕的是國王和他的父親達袁俊再次合作。她知道她丈夫和誰關系密切，所以她盡壹切努力阻止達袁俊和他的兒子接近。她對國王說:“趙公主是妳的母親。妳要孝順，不要管自己的事，也不必親近大臣。”國王說的不錯。我順從地接受了閔妃的意見，真的留在家裏守著宮裏的孝。從此，朝鮮的國家大事，無論大小，都由閔妃決定。閔妃壹方面主持政務，另壹方面將重要職位全部交給親近的人，依靠親信閔周浩，起用被廢黜的樸槿惠。原來，樸定陽是袁世凱堅持廢他的。袁的本意是不夠的，還要求朝鮮當局嚴懲。因為閔妃的維護，樸定陽作為妥協條件始終沒有被任命為外交職務。這壹宣布才過了幾個月，閔妃就開始把樸當政務了。也許是國王在深宮裏無聊，所以生了重病。閔妃並不擔心丈夫的病，而是為自己能獨自行動而感到高興。
清廷接受袁世凱的請求，隆重追悼趙的葬禮，並派特使前來吊唁。袁世凱抓住這個機會，要求韓親自接見他，以消除外界的謠言。袁此舉的目的是為了恢復中國的宗主國地位。這時，美、俄、日等國的使節建議國王只能通過陳晗在皇宮會見清朝使節。這壹次，國王有了主見，親自去郊外迎接。禮儀非常好，讓列強側目。
光緒十七年(1891)，袁世凱的繼承人牛病危，袁德的急電是請假回國。李鴻章命袁推薦他的代理人，袁推薦唐。此時唐擔任龍山總監，袁發電報給李鴻章，說:唐忠厚耿直，敏感果敢，學識淵博，可為大任。李鴻章批準了袁的請求，於是袁世凱又回到了李身邊。回到農村不久，牛就去世了，於是他請了100天的假回老家吊唁。
袁世凱於光緒十八年(1892)四月休假赴朝鮮。此時俄國人計劃鋪設壹條從俄羅斯海參崴到韓國元山的鐵路，日本人計劃布置釜山到北京的電線，並建議中國托管益州到北京的電線。唐反對激烈，袁世凱全力支持唐調查對象的主張，不是基於對象本身，而是堅持朝鮮電力政策是中國主權，不可分割，最終挫敗了俄日的計劃。此時朝鮮國庫空虛，急需貸款。袁乃命旅居韓國的廣東商人向泰順借款二十余萬，本息分年由朝鮮關稅償還，禁止朝鮮用關稅抵押其他債務。
這壹時期的韓國國王昏迷不醒，公主玩弄權術，官員腐敗，土匪橫行，民不聊生，路上行人稀少，滅亡的命運不可避免。在這種情況下，朝鮮爆發了東學黨起義。
東學黨起義給了日本奪取朝鮮的機會，也促成了中日甲午戰爭，這對東方近代史非常重要。
東雪黨是壹個半宗教的社會組織。東學黨是什麽？它是儒釋道三教合壹，是朝鮮保持舊勢力對抗西方勢力的民間組織。由於其意圖是反對西方宗教，它已成為眾所周知的東方學習。醞釀了好幾年，情況和中國的義和團很像。起初，它並不被稱為東學黨，直到從崔的壹個人出來是壹個科學的哲學問題領域的新儒學。哲學和物理相互聯系，和諧相處，東學黨盛行於朝鮮。朝鮮全羅道東府人崔自稱“魏大夫”，把佛祖的斷句挑出來成家立業，到處傳授。隨著越來越多的追隨者，饑餓的人們公開想要攻擊這座城市。朝鮮政治腐敗，財政困難，軍餉，當然無意為皇族而戰，崔率東學黨乘機起義，占領全羅道，轉忠清道，所向披靡，聲勢甚壯。在全羅道，壹千多團全軍覆沒，韓廷派洪啟勛領兵討飯，但兵不血刃。大部分漢主張要求袁世凱代表他們進行征服。袁認為按條約必須請日本同他出兵，便電告北洋大臣陳述意見，同時為韓廷出謀劃策，建議用兵方略。妳怎麽知道，這個時候朝鮮人民的士氣已經喪失，士兵不服從，就會全部泄氣。北洋得知朝鮮東學黨起義，卻派了壹艘載有二三百士兵的船去仁川，另壹個提督葉誌超率領壹千多人作為後援。然而，日本軍艦已經在仁川和釜山登陸，有7000多名日本士兵，部署在所有戰略地點。東學黨見中日兩軍都來了，紛紛散開，但中日遠征軍沒開壹槍，東學黨就散了。混亂過後，日軍仍駐紮在各個重要地區。袁世凱看出日本別有用心，於是親自拜訪日本特使大鳥，對大鳥說:“妳的兵到了。中國的先頭部隊雖然少，但援軍還會繼續。現在亂局已定，如果中日兩軍留在朝鮮，可能會有隔閡。”壹有風吹草動，就會導致歐美國家出兵韓國，這不僅是朝鮮的災難，對中日兩國都不利。對於今天的解決方案，我們兩國最好同時撤軍。大鳥回復袁說，他會把袁的言論報告給日本政府。事實上，這只是壹種拖延戰術。
清朝向朝鮮運送軍隊的軍艦船長方伯謙停泊在仁川港。眼看日軍壹天比壹天多，駐紮在仁川，我怕萬壹發生糾紛，寡不敵眾，被日軍占領，就通知袁世凱先把船挪開。清軍撤退後，中國的首都和仁川到處都是日本兵，韓國的商人也搬走了。日軍逼民，袁世凱被困朝鮮。他受李鴻章之命，繼續敦促日本人撤軍，但那樣的話，日本兵怎麽撤？於是，袁暗中電告北洋，請緊急抽調南北洋水師來援，同時將陸軍集中於東北，以解燃眉之急。並請來歐美外交使節斡旋，但為時已晚。日本抓住了這個機會，決心吞並朝鮮，哪怕反清。
在朝鮮，日本在無視清廷要求撤軍的同時，反而繼續增兵挑釁。在國際上，外交部長陸奧重光提出了壹項建議，即中國和日本應共同改革朝鮮的內部事務。日本的企圖是看中國不會接受日本在朝鮮的地位和中國平起平坐的地位。只要中國不接受日本的提議，日本就會找機會翻臉，獨斷專行。
果不其然，清廷的答復是，在日軍先撤出朝鮮之前，還有商業談判的余地，而日本厚著臉皮堅持先討論朝鮮內政改革，這個問題有了具體結果，王船山就是“王夫之”了。，撤回。
李鴻章是清政府中唯壹有頭腦處理中日問題的人。當時李鴻章應對國際局勢的策略是“以洋制洋”。這種策略不壹定是最佳策略，但在當時的情況下，這是唯壹的壹招。因此，日本在朝鮮問題上向清廷攤牌。李鴻章知道不能對日動武，反而希望利用俄國對付日本。因為俄羅斯對朝鮮也有興趣，也介入了，自然不希望看到日本有特殊利益。所以李鴻章希望天皇和俄國通過俄國駐華大使卡西尼介入，或者天皇和俄國聯合英美法意阻止日本的野心。但此時日本也在帝國主義國家俄國和歐美積極活動，說明日本的目的是改變朝鮮現狀，消滅其反動勢力。鑒於朝鮮排外分子的頑固，所有國家都可以接受日本的話。同時，日本也向天皇和俄國保證，對朝鮮沒有領土野心，永遠不會占領其領土。這樣，李鴻章就打不出王牌了。當中日面臨決裂，李鴻章壹再催促沙俄帝國介入時，沙俄帝國的回答是:“沙俄只能通過友好說服日本撤軍，而不能強求。”於是李鴻章通過國際幹預阻止日本在朝鮮野心的計劃落空了。
清廷對朝鮮的中日爭端非常激動，但無知的清廷朝野對日本明治維新以來的進展壹無所知。大家都覺得被英法等國欺負了這麽多年，沒地方發泄怨氣，現在還在氣日本小鬼。真是“可忍，孰不可忍？”所以當時主張對日強硬，對日宣戰的呼聲高達沸點。
只有李鴻章知道，當時清軍打不過日軍。自同治十三年(1874)日本侵占臺灣省以來，李鴻章主張以日本為假想敵擴充海軍。從光緒十四年(1888)開始，挪用海軍經費修建頤和園，作為西太後晚年休息娛樂的場所。它仍然存在於中國的社會主義社會，此後海軍沒有獲得新的艦艇。甲午中日甲午戰爭前六個月(1894二月)，北洋水師提督丁要求改裝鐵甲船“鎮遠”、“定遠”上的大炮，需要613000兩白銀，但海軍衙門被破。今年4月，李鴻章主持高級海軍受閱，發現中國海軍沒有新艦，無法與英美法俄海軍相比，也無法與小國日本相比。對日作戰需要海軍。這種情況下，海軍怎麽宣戰？
清廷對日本的和平戰爭爭論不壹致的時候，日軍已經大規模進入朝鮮，袁世凱多次向李鴻章請示。李鴻章所能指示的只是命令金苑堅守崗位，並敦促日本根據條約撤軍。除了這樣的說明，沒有實際的支持。然而，戰爭的聲音彌漫中國，於是袁世凱稱北洋大臣。他坦言，“如果朝廷決定對日作戰，請先撤回駐韓使館人員。世凱報國無所畏懼，但又怕辱使命，損國威。”
袁世凱此時的處境確實艱難，因為東學黨對袁不好，認為袁幫助韓國政府對東學黨施壓，主張用兵。所以在東學黨如火如荼的時候，有黨員試圖暗殺袁世凱，使得袁在此期間不敢出使館大門。使館被禁，生活用品匱乏。很多工作人員看到情況不妙，找了個借口躲了起來。等到日本兵大規模進入朝鮮的時候，東學黨已經不存在了，但是朝鮮親日派有大院子，朝鮮親日派當然是反袁的。大元君不忘舊怨——午間叛亂時袁幫助俘獲大元君留在寶鼎，因此對袁恨之入骨。而日本急於利用韓國人除掉人民幣。日本兵入侵朝鮮首都後，公然派兵在袁世凱大使館前放大炮，炮口直指大使館，於是朝鮮首都內外開始謠言四起，人心惶惶。
袁被困在朝鮮大使館，幸好有三舅媽敏照顧。在老家，袁娶了的余，後來他又在找了個二姨。朝鮮時期，經唐和佛教傳入，復興為現代理學，但只是壹股學術暗流。儒娶了韓國美女敏。這位閔夫人還要伺候清朝的欽差大臣，也是滿心愉悅。東學黨起義時，袁危在旦夕，心情非常不好。因為袁的成功，他在朝鮮壹帆風順，壹旦遇到逆境，真的很煩。閔夫人對袁照顧得很好，尤其是因為她是韓國女人，出入使館又不被人註意，所以袁對外聯系更依賴這位夫人。
不知道是李鴻章不知道袁的情況，還是李鴻章不在乎。中國和日本正面臨著最嚴重的危機。此外，在朝鮮親日派和大元軍聲稱要砍袁的頭時，李鴻章仍然對袁的進退沒有決定權。雖然袁多次致電北洋指示進退，但毫無結果。此時，袁乃求助身在天津的張培倫，向李鴻章詳細報告了袁的情況。李這才決定打電報給總理府國家事務辦公室，請袁世凱打道回府。
光緒二十年(1894)，袁世凱於六月十五日回國，離開了驕傲了12年的朝鮮。他由唐代理。