除了通過上述審計思路和內容核實貸款的真實性、完整性和合法性外，在審計商業銀行貸款時，還應從每筆貸款的管理入手，重點關註以下幾個方面:
(1)在審計正常的貸款收購和審查其資產負債表時，審計人員應關註經常性借款人和關聯借款人。壹些商業銀行為了達到某些經濟指標或出於各種目的，采用借新還舊的形式，造成虛假還貸及利息；壹些商業銀行通過多次換白條，將不良貸款從形式變為正常貸款。
由於商業銀行貸款內控制度的制約，商業銀行對同壹貸款人的貸款受到額度的限制。壹些商業銀行為了規避各種限制，對同壹借款人分期發放貸款，或者通過借款人的關聯企業按戶發放貸款。更有甚者，為了獲得貸款，他們使用虛假的會計信息來滿足銀行內部控制制度的要求。這些做法不僅違反了商業銀行的內部控制和國家的有關規定，也嚴重影響了信貸資產的質量，甚至導致道德風險的發生。因此，審計人員在審計正常貸款時，應高度重視經常性借款人和與之相關聯的借款人。除了調取、審核其相關法律文書外，還應延伸相關單位，通過向工商、稅務、法院、會計師事務所等中介機構查詢、調查等方式了解情況，獲取證據，從而發現正常貸款中的風險和違法違規行為。
(2)關註損失貸款的金額、結構、原因和責任。查明已經損失且無望收回的損失貸款金額；找出貸款損失導致的應收利息和壞賬的金額。對虧損貸款的審計應擴展到對貸款企業逐壹調查核實。重點核查企業的經營狀況和還款能力。要找出損失貸款形成的主要原因，區分銀行貸款管理不善的責任、銀行人員以貸謀私的責任、企業管理不善的責任、企業故意逃廢債務的責任、政府決策的責任。對於損失較大的貸款，要追查責任人。確保銀行內部控制體系得到改進和完善。
(3)關註不良貸款，在摸清不良貸款數量的基礎上，摸清次級和可疑不良貸款在各行業的分布結構和比例。對不良貸款比例較高的行業，特別是1999之後發放的，通過調查、了解、分析，總結不良貸款形成的原因和盤活信貸資產的有效途徑，查處違法違紀行為。
(4)重點關註票據貼現、承兌匯票墊款、信用證墊款的金額及原因。從臺賬入手，可以采用書面審查、前後核對、口頭詢問、延伸審計等多種審計方法。，審查票據合法要素和商品交易行為的真實性，揭露非法貼現和騙取貸款行為。