1.核實發票金額與實際付款金額是否壹致。發票金額大於實際支付金額的，按實際支付金額入賬；
2.當發票金額小於實際支付金額時，只能在實際支付的發票金額填列後才能入賬；
3.對於多付的發票，及時聯系開票人，要求其改正錯誤，開具正確金額的發票；
4.開票方拒絕配合或有違法行為時，應向稅務機關報告並提供相關證據，依法追究其責任。
發票基礎知識:
1.發票的定義:發票是買賣雙方在進行商品交易或接受服務時，作為支付貨款或收取貨款的憑證的書面憑證；
2.發票的作用:主要包括證明交易事實，方便買賣雙方的會計處理，作為稅務依據和法律訴訟的可能證據；
3.發票類型:常見的發票類型有增值稅專用發票、增值稅普通發票、電子發票等。
4.發票開具:發票應由賣方按照中華人民共和國國家稅務總局的規定開具，發票必須真實反映交易內容，不得偽造或隨意塗改。
總結壹下，對方公司發票多付的處理方法包括:核實發票與實際支付金額的壹致性，按實際金額入賬，補齊差額，與開票人溝通糾正錯誤，必要時向稅務機關報告並追究責任。
法律依據:
中華人民共和國刑法
第205條
虛開增值稅專用發票或者用於騙取出口退稅、抵扣稅款的其他發票的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處二萬元以上二十萬元以下罰金；虛開的稅款數額較大或者有其他嚴重情節的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處五萬元以上五十萬元以下罰金；虛開稅款數額巨大或者有其他特別嚴重情節的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，並處五萬元以上五十萬元以下罰金或者沒收財產。
單位犯本條規定之罪的，對單位判處罰金，並對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，處三年以下有期徒刑或者拘役；虛開大量稅款或者有其他嚴重情節的，處三年以上十年以下有期徒刑；虛開稅款數額巨大或者有其他特別嚴重情節的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑。
虛開增值稅專用發票或者其他用於騙取出口退稅、抵扣稅款的發票，是指為他人虛開、為自己虛開、為他人虛開、為介紹他人虛開的行為之壹。