壹、丟失空白發票的處理
1，納稅人丟失空白專用發票，應根據《發票管理辦法實施細則》第三十壹條規定：“使用發票的單位和個人應當妥善保管發票。發生發票丟失情形時，應當於發現丟失當日書面報告稅務機關，並登報聲明作廢”。
因此，納稅人丟失專用發票後，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告。納稅人應將丟失專用發票的納稅人名稱、發票份數、字軌號碼等情況，向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢，然後填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失專用發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：
（五）未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。
2，納稅人丟失空白普通發票後，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告，丟失普通發票的納稅人必須自行到轄區內的地級市報刊上刊登“丟失聲明”，然後填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失空白普通發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：
（五）未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。
二、納稅人丟失已開具的增值稅專用發票的處理
納稅人將已經填開的增值稅專用發票丟失，應主要依據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發[2006]156號）第二十八條和第二十九條的規定處理。
納稅人丟失增值稅專用發票各聯次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。
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法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》第二十壹條稅務機關是發票的主管機關，負責發票印制、領購、開具、取得、保管、繳銷的管理和監督。單位、個人在購銷商品、提供或者接受經營服務以及從事其他經營活動中，應當按照規定開具、使用、取得發票。發票的管理辦法由國務院規定。