國內企業不清楚非貿易外匯支付的涉稅項目。據很多企業管理人員反映，以前直接去銀行交外匯就可以了，根本沒想到要去稅務部門，也不知道不履行義務就要交錢。壹些中國企業涉外合同的稅收條款模糊簡單。納稅義務不明確，甚至將本應由外方承擔的納稅義務攬在自己身上；企業不主動履行代扣代繳義務，工作配合消極。從應稅企業申報情況來看，僅有1/3的應稅企業主動申報非貿易外匯支付稅款；稅務機關和銀行管理部門對部分項目是否屬於非貿易憑證範圍的判斷不壹。比如銀行認為購買出口配額等業務屬於非貿易付匯，而稅務機關認為此類業務屬於正常交易，不需要開具證明，等等。對於壹些具體的費用，稅務機關如何定位免稅，很難把握。比如境外企業和機構為國內企業進行質量安全認證，國內企業每年要交壹筆所謂的認證維護費、年檢費、檢測費。為完善國家外匯管理和稅收管理，國家稅務總局頒布匯發[2008]64號(關於服務貿易等項目對外支付提交稅務憑證有關問題的通知)，區分不同外匯支付項目是否需要支付憑證，以及哪些機構需要審核稅務憑證。
跨國公司面臨的壹大挑戰，正如國內最大的跨國公司財稅經驗分享平臺鉑濤咨詢的報告指出，以下問題已經成為其Linked-F會員(即WOFE財稅經理)工作中的壹大挑戰:
1.有哪些付款方式，如何擬定最佳付款計劃？
2.稅務局查驗企業付匯完稅憑證的重點是什麽？
3.如何從跨國企業的經濟背景和管理習慣來理解外匯支付？