依據《中華人民***和國企業所得稅法》第五十條規定，“居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算並繳納企業所得稅”。具體根據《國家稅務總局關於印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）規定進行繳納，具體如下：
1、匯總納稅企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法；
2、總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立並領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統壹核算和管理的分支機構。
3、匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預[2012]40號文件第五條等相關規定執行。
4、以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規定相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅，不執行本辦法的相關規定。
因此，除第4條所列情況外，分支機構繳納企業所得稅，應由總機構統壹計算企業應納稅所得額和應納所得稅額，並分別由總機構、分支機構按月或按季就地預繳。
分支機構繳納金額，由總機構計算分配，具體是總機構在每月或每季終了之日起10日內，按照上年度各省市分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構應分攤所得稅款的比例，三個因素的權重依次為0.35、0.35、0.30，計算分支機構應分攤的企業所得稅。
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