市地方稅務局機關內設機構設置為：辦公室、收入規劃核算科、財務管理科、政策法規科、征管和科技發展科、稽查管理科(稅收違法案件舉報中心)、納稅服務科、稅源管理科(大企業稅收管理科)、貨物和勞務稅科、所得稅科、財產和行為稅科、社會保險費科、人事科、教育科、機關黨委、監察室、發票管理所、信息中心、國際稅收研究會。
辦公室
負責市局日常政務；負責起草和審核有關文件及報告；負責會議組織、秘書事務、公文管理、文書檔案、機要通訊、信訪、保密、調研、政務信息、督查督辦、辦公自動化、人大建議和政協提案處理、新聞發布；負責制定機關內部規章制度；負責管理機關財務管理工作，協調機關行政管理工作；負責對文印工作的管理。
計劃統計科
負責編制全市地方稅收中長期規劃和年度稅收計劃並監督執行；負責管理、監督地方稅收會計、統計及稅款的征收、入庫工作；負責地方稅收、費、基金的票證管理工作；負責稅源監控和調查研究。
財務管理科
負責全市地稅系統的財務經費、固定資產和專項資金的管理和監督審計工作，領導幹部的離任經濟責任審計工作；負責編制、審核、匯總全市地稅系統財務預、決算；負責辦理各項經費領撥；負責全市地稅系統的裝備管理工作；負責基建財務管理和政府采購工作。
政策法規科
負責會簽會辦政府各部門的涉稅文件，負責根據稅收法律、法規、規章，協調各稅政部門，制定完善地方稅收規範性文件；負責調查、分析、評估稅收政策的執行情況；負責承辦稅政類審批事項的審批工作；負責審理重大稅務案件；負責組織系統稅收執法檢查工作；負責貫徹落實稅收執法責任制；負責稅務行政審批制度改革工作；負責承辦涉及市局的稅務聽證、行政復議、行政訴訟、行政賠償工作，並對系統開展有關政策指導；負責稅務處罰案件的統計分析工作；負責編輯、發放法規匯編和稅收法規公告，更新維護法規政策數據庫；負責法制培訓；負責調查研究，指導協調系統開展稅收理論研究工作。
征收管理科
負責全市地方稅收的綜合征收管理；負責制定相應的規章、制度，並負責解釋和監督執行；負責組織實施全市地方稅收征管改革；負責全市地方稅務登記、納稅申報的管理；負責建帳和核定應納稅額的管理；負責代扣代繳、委托代征的綜合管理，擬定具體實施辦法，對執行的問題進行解釋和處理；負責地方稅種的稅務代理和群眾性協稅護稅管理；負責全市地稅系統的稅收征管質量考核工作。
稽查管理科
負責制定全市地方稅務稽查規章、制度和工作規程並監督實施；負責指導、監督地方稅收稽查工作；負責組織實施地方稅收和社會保險費專項檢查、專案檢查和稽查案件復查工作；負責受理全市涉稅案件的舉報、部門轉辦和上級交辦案件；負責組織協調全市涉稅違法大要案和跨市、跨縣區的涉稅違法案件查處工作；負責與公安、國稅等有關部門在協作、制度建設等方面協調聯系；負責建立和管理稅務稽查人才庫；負責稽查信息收集、整理、編發、上報工作；負責涉外稅收審計管理工作。
稅源管理科
對管轄範圍內的稅收數據進行加工、整理，為上級主管部門提供準確有效的數據信息，為領導決策和相關業務部門工作的開展提供數據支持。具體負責稅源管理和納稅評估工作；負責加工、整理稅源管理和納稅評估有關數據信息；負責征管系統內錯誤數據的修正；負責確保征管系統錄入數據的準確性與可用性；負責查找征管系統異常數據信息，並向有關業務部門及上級主管部門反饋；負責匯總各業務科在開展地方稅收工作過程中，對稅收數據信息的需求，並向上級主管部門反映；負責為領導決策提供數據支持。
流轉稅管理科
負責營業稅、煙葉稅、文化建設事業費、河道維護費的征收管理、稅（費）政調研和稅（費）源管理；負責制定所分管稅（費）種具體征收管理辦法；負責對相關法律、法規、規章在執行中的壹般性問題進行解釋和處理；負責國際稅收協定的執行、反避稅、國際稅收情報交換和非貿易及部分資本項目項下售付匯提交稅務憑證等項專業工作；負責辦理減免稅（費）等具體涉稅審批事項；負責稅收資料調查工作；處理涉及所分管稅（費）種的其他事項。
所得稅管理科
負責企業所得稅、個人所得稅的征收管理、稅政調研和稅源管理；負責制定具體征收管理辦法；負責對有關的法律、法規、規章在執行中的壹般性問題進行解釋和處理；負責辦理所管稅種的減免審批的具體事項，處理涉及所管稅種的其他事項。
財產與行為稅管理科
負責房產稅、城市房地產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅、土地增值稅、資源稅、印花稅、契稅、耕地占用稅、城市維護建設稅、教育費附加、地方教育附加的管理；負責轉發上級部門下發的稅收規章及規範性文件，在省地方稅務局的授權範圍內，制定稅收規範性文件；負責監督檢查各征收局稅收文件的貫徹落實情況；負責對分管稅費行政審批事項的管理；負責指導和調查各征收局分管稅費的稅收政策、征收管理和組織收入工作情況；負責分管稅種的委托代征工作；負責協調有關部門開展綜合治稅工作；負責向省局和市局領導上報稅收政策和征收管理工作中存在的問題，提出處理意見；負責分管稅費的稅源管理和納稅評估工作；負責協助做好房地產稅收壹體化工作，抓好車船稅收壹條龍和土地稅收壹體化等工作負責開展有關稅費政策和征管調研工作，撰寫調研報告；負責審理各征收局上報的案件；負責分管稅費的收入執行情況，分析收入工作中存在的問題，提出整改意見，上報有關領導；負責對需要改革的稅費進行調查測算，撰寫調研報告。
社會保險費征收管理科
負責編制全市社會保險費（包括殘疾人就業保障金、工會經費等其他由社保科負責管理的收費項目，下同）征收工作計劃、中長期規劃並監督執行；負責全市社會保險費的征收管理，組織擬定和起草社會保險費規範性文件；負責與有關部門的溝通和協調，做好有關社會保險費征收文件的會簽會辦工作；負責全市社會保險費收入的調度、統計、匯總和分析工作，起草全市社會保險費收入通報，編制年度征收計劃；負責社會保險費費源管理和監控工作，包括費源報表的統計、匯總和分析工作，以及收入統計資料匯編的編寫工作；負責社會保險費緩期繳納的審批管理工作；負責協助有關部門做好全市社會保險費目標管理考核工作；負責全市社會保險費征收管理的業務指導、培訓和政策解釋工作；負責社會保險費征管軟件的測試、輔導和培訓工作；負責傳達、落實上級有關精神和工作要求，向上級機關上報、反映有關工作情況和工作建議。
納稅服務科
負責落實省局關於納稅服務工作的各項規定；負責全市地稅系統納稅服務工作的綜合協調；負責制定全市地稅系統納稅服務規範及標準，指導本系統納稅服務工作；負責市局地稅網站建設與管理；負責“12366”納稅服務熱線的管理；負責納稅咨詢和納稅輔導的協調工作；負責受理有關納稅服務的投訴和舉報；負責組織和落實納稅服務工作的調查研究；負責上級交辦的其他工作。
人事科
負責根據相關法律、法規、規章，按照上級機關的指示精神，結合地稅系統實際，擬定全市地稅系統幹部人事制度、辦法；負責按照幹部管理權限，管理全市地稅系統人事、勞動工資、機構編制工作，承辦市局機關及直屬單位的人事、勞動工資、機構編制具體管理工作；負責按照幹部管理權限，開展各級領導班子建設和後備幹部隊伍建設，承辦基層地稅局領導班子成員及相應級別幹部、基層局後備幹部的管理工作；負責對市局機關及直屬單位離退休人員開展服務和管理。
教育科
拓寬工作途徑，做好新形勢下思想政治工作，以弘揚先進典型為著力點，開展“創先爭優”活動，加強精神文明創建活動，實施人才強稅工程，做好教育培訓工作，鞏固和提高“兩基”建設成果，推動“兩基”建設提檔升位，實現常態管理，穩妥推進組織績效考核工作，高舉“文化興稅”的旗幟，推動稅務文化建設蓬勃發展。
機關黨委
認真宣傳和執行黨的路線、方針和政策，保證監督上級黨組織的各項決議、決定在機關的貫徹執行；加強地稅機關黨的思想建設、組織建設和作風建設，發揮黨支部的戰鬥堡壘作用和黨員的先鋒模範作用；抓好地稅機關幹部、職工的政治理論學習，努力提高機關幹部的思想、政治素質和勤政廉政能力；加強基層局黨支部建設，不斷探索組織生活的新方法、新形式，負責機關黨委所屬黨支部黨員的組織關系接轉，以及黨費的收繳；負責地稅系統黨員的發展工作，加強對入黨積極分子的教育、培養和考察，審批新黨員並向市直機關工委組織部報備；加強黨員的教育和管理，做好黨員民主評議工作；完成上級黨委和黨組交辦的其他工作任務。
監察科
負責監督檢查駐在部門及所屬系統貫徹執行黨的路線、方針、政策和決議，遵守國家法律、法規，貫徹執行政府決定、命令及稅收計劃的情況；負責監督檢查駐在部門黨組和行政領導班子及其成員維護黨的政治紀律，貫徹執行民主集中制，選拔任用領導幹部，貫徹落實黨風廉政建設責任制和廉政勤政的情況；負責協助駐在部門黨組和行政領導班子組織領導駐在部門及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。組織傳達貫徹上級紀委和省局黨組有關反腐敗鬥爭和黨風廉政建設的方針、政策和決議，結合實際做出工作部署，承擔全市地稅系統反腐敗和糾正行業不正之風的日常工作；負責協助駐在部門黨組和行政領導班子組織領導駐在部門及所屬系統的紀檢監察工作，檢查指導市局機關紀委和各分局的紀檢監察工作；負責初步核實駐在部門黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀問題；參與調查駐在部門黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件；組織調查駐在部門***產黨員幹部及行政監察對象違反黨紀政紀的案件及其他重要案件；負責受理對駐在部門黨組織、黨員和行政監察對象的檢舉、控告，受理駐在部門黨員和行政監察對象不服處分的申訴；維護黨員幹部及監察對象合法權利，保護其依法行使職權；負責對市局機關擬晉升的科級幹部和系統科級幹部的廉政建設情況提出意見；負責對市地方稅務系統紀檢監察機構設置和各分局紀檢組長、人事監察科（股）長的任免提出建議；有計劃地組織全市地稅系統專職紀檢監察幹部進行業務培訓；對在紀檢監察和反腐敗鬥爭中做出貢獻的單位或個人提出表彰和獎勵的建議；負責承辦省局、市紀委、市監察局和市地稅局交辦的其他事項。
信息中心
制定、實施全局信息化規劃和網絡、計算機管理規章制度；對全局計算機軟硬件進行登記、維護和管理；負責全局網絡安全，負責全局計算機技術維護、培訓、采購、防護工作； 負責系統內各軟件系統的聯網與技術指導；指導並協助機關各科室、各縣（區）局完成信息化相關工作；負責市局交辦的其他工作。
發票管理所
負責制定全市地稅系統發票管理辦法、規章制度，並組織實施；負責全市地稅系統發票的印制計劃管理、庫房管理、發售管理、繳銷管理、工本費管理；負責發票系統維護工作；根據授權負責組織全市的發票檢查工作、組織協調打擊制作、販賣、使用假發票的工作；負責全市地稅系統統壹式樣發票的設計和組織發票換版工作；負責組織全市地稅系統發票定點印刷廠的審定和管理工作；配合有關部門開展涉票稅收管理工作；組織全市地稅系統發票管理人員的業務培訓工作；負責市局交辦的其他工作。
阜新市國際稅收研究會
聯系和組織社會各界熱衷於國際稅收研究的人士，開展國際稅收學術與理論的研究；國際稅收動向及其發展趨勢的研究；各國稅收政策、原則、制度、管理的研究；國家、地區、國際經濟組織稅收關系的研究；區域性稅收協調及其發展前景的研究；國際經濟活動中運用稅收維護國家利益的對策研究等；根據國際和國內及阜新市內政治、經濟，特別是財政、稅收的發展情況，結合當前確立和逐步完善社會主義市場經濟體制過程中出現的新情況、新問題，組織專題研究，並及時將研究成果向決策部門和有關單位推薦；宣傳我國稅收制度和對外稅收政策。介紹外國稅收動態，促進國際稅收協調與合作，為發展國際經濟交往服務；組織各種形式的稅收學術和實務交流，有計劃的同國外經濟、財政、稅收研究機構及其他有關國際組織、民間組織機構建立聯系，廣泛開展國際間的交流活動；開展有關稅收方面的社會服務工作。接受稅務機關、相關部門、企業單位、個人和國外有關方面委托，承擔有關國際稅收問題的調查研究、稅務咨詢、稅務服務、人員培訓、學習考察和政策法規等查證、論證以及財務管理等項業務；搜集國際稅收資料並進行編譯、交流，提供國際經濟、稅收信息、編輯出版本會會刊和有關國際稅收的書刊；承辦遼寧省國際稅收研究會、阜新市地方稅務局、阜新市國家稅務局交辦的其他稅務調研事項；組織評議國際稅收學術研究成果，進行獎勵。