其次是稅務機關對個人獨資企業個人所得稅的征收方法有二種，壹種是查賬征收適用於會計核算比較齊全的，另壹種是核定征收。具體采用哪種征收方法由主管稅務機關確定。
第三，只要企業有利潤，不論采用哪種征收方法，也不論企業利潤是否分配，都需要繳納個人所得稅。
第四、采用查賬征收方法的，以每壹納稅年度的收入總額，減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額，然後根據個人所得稅確定的稅率表中對應的稅率計算應納稅款。
第五、采用核定征收方法的。依據國家稅務總局關於印發《企業所得稅核定征收辦法》（試行）的通知》規定，采用按企業銷售收入乘上應稅所得率來計算應納稅所得額，然後，根據個人所得稅確定的稅率表中對應的稅率計算應納稅款。
第六、由於2011年前8個月適用修改前的《個人所得稅法》，後四個月適用修改後的《個人所得稅法》，二者減除費用標準和稅率表不同，所以應按照稅收法律、法規和文件規定，先計算全年應納稅所得額，再計算全年應納稅額。其2011年度應納稅額的計算方法如下：
前8個月應納稅額=（全年應納稅所得額×稅法修改前的對應稅率-速算扣除數）×8/12
後4個月應納稅額=（全年應納稅所得額×稅法修改後的對應稅率-速算扣除數）×4/12
全年應納稅額=前8個月應納稅額+後4個月應納稅額
納稅人應在年度終了後的3個月內，按照上述方法計算2011年度應納稅額，進行匯算清繳。
現舉例說明其計算方法：
假設某個人獨資企業，稅務機關對其實行核定征收個人所得稅方式，其生產經營的商品經稅務機關按《企業所得稅核定征收辦法》第八條制造業應稅所得率按5-15%幅度標準確定範圍內，確定其按收入的5%的應稅所得率計算應稅所得額。如果該個人獨資企業2011年實現銷售收入100萬元。那麽其全年應繳個人所得稅為：
全年應納稅所得額=300×5%=5萬元。
前8個月應納稅額=（50000×30%-4250）×8÷12=7166.67元
後4個月應納稅額=（50000×20%-3750）×4÷12=2083.33元
全年應納稅額=7166.67+2083.33=9250元