開具的無效發票要全部收回，申報期間應納稅款要在納稅申報時扣除。不能直接退稅，只能沖抵以後應該交的稅。
需要重新開具發票的，稅務機關應當同時清算新發票稅額和原發票稅額，多退少補；對不需要重新開具發票的，增值稅納稅人已繳納的稅款，按照有關規定在下期申報的正常稅款中予以退還或抵扣。
對於作廢的電子發票，應在紙質發票上記錄作廢發票的代碼、編號等內容，並在開票期後三個月內攜帶作廢發票原件，到主管地方稅務機關辦理作廢電子發票的註銷手續。電子發票逾期未驗證註銷的，不能繼續網上開票。
發票丟失(未付款方)的，應立即在開票系統中作廢電子發票，並向當地主管稅務機關書面報告掛失情況，填寫《掛失登記表》。經稅務機關核準後，電子發票應在有全國報紙號的報紙上聲明作廢。
主管地方稅務機關應在集中系統的“作廢電子發票驗證銷售”模塊中輸入丟失發票的打印序號，選擇“丟失作廢”，並按照發票管理的有關規定對非法發票進行處罰。
法律依據
中華人民共和國稅收征收管理法
第二十九條除稅務機關、稅務人員和法律、行政法規規定由稅務機關委托的單位和人員外，任何單位和個人不得進行稅收征收活動。
第三十條扣繳義務人應當依照法律、行政法規的規定履行代扣代繳、代收代繳稅款的義務。法律、行政法規規定沒有代扣代繳、代收代繳義務的單位和個人，稅務機關不得要求其代扣代繳、代收代繳稅款。
扣繳義務人依法履行義務時，納稅人不得拒絕扣繳或者代收稅款。納稅人拒絕的，扣繳義務人應當及時報告稅務機關處理。
稅務機關應當按照規定向扣繳義務人支付代扣代繳、代收代繳手續費。