1、首先，應確定是否真實在兩家公司有收入；如果確認兩處都有工資收入，需選擇壹家公司作為主管稅務機關進行申報；
2、在取得所得的次月十五日前，向主管稅務機關提交《個人所得稅兩處或兩處以上工資、薪金所得納稅申報表》；
3、將兩家公司的工資、薪金所得合並計算稅額，扣除已代扣代繳的稅款後，補繳余額；
4、如果發現並未在某家公司任職，或對該公司毫不知情，應及時與稅務機關聯系，說明情況並進行核實，避免因信息錯誤而產生不必要的稅務問題。
個人所得稅的計算與申報：
1、個人所得稅的計算：根據個人所得的收入類型，按照稅法規定的不同稅率和速算扣除數計算應納稅額；
2、綜合所得稅率表的應用：對於工資、薪金等綜合所得，應使用綜合所得稅率表進行月度預扣預繳；
3、分類所得稅率的適用：對於經營所得、勞務報酬等分類所得，應按照分類所得稅率表計算稅款；
4、匯算清繳的實施：年度結束時，個人應進行匯算清繳，以確保全年所得稅額的正確；
5、稅務登記的要求：個人在兩個及以上單位有所得時，應在稅務機關進行稅務登記，並按規定申報納稅。
綜上所述，對於個人所得稅在兩個公司的處理，需首先確認真實收入情況，選擇壹家公司作為主管稅務機關申報，合並計算稅額並補繳差額，若存在任職信息錯誤則應及時聯系稅務機關核實，以確保稅務申報的準確性和避免不必要的稅務問題。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第六條
應納稅所得額的計算：（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用後的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。本條第壹款第壹項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的範圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體範圍、標準和實施步驟由國務院確定，並報全國人民代表大會常務委員會備案。