個人所得稅退付手續費是企業在代扣代繳員工個稅後，按照稅款的2%向稅務機關申請的返還費用。這筆費用主要用於補償企業在代扣代繳過程中的管理支出，也可用作對相關工作人員的獎勵。
個人所得稅的計算方式：
1、綜合所得稅率：按照累進稅率表計算，稅率從3%至45%不等；
2、分類所得稅率：根據不同的所得類別，如勞務報酬、稿酬等，采用固定或者梯度稅率；
3、速算扣除數：在計算稅額時，根據適用稅率減去速算扣除數得到應納稅額；
4、免稅額：對於綜合所得，有基本的免稅額標準，如每月5000元的基本減除費用；
5、專項扣除：包括子女教育、繼續教育、大病醫療等專項扣除；
6、專項附加扣除：如住房貸款利息、住房租金、贍養老人等附加扣除；
7、依法享受的其他扣除：根據相關稅法規定，納稅人還可以享受其他壹些扣除項目。
綜上所述，個人所得稅退付手續費是企業在完成代扣代繳員工個稅的義務後，向稅務機關申請的壹項返還費用，其比例為稅款的2%，旨在補償企業在此過程中產生的管理成本，並可用於獎勵處理此事務的工作人員。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第六條
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。
（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額。
（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。
（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額。
（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。
勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用後的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。
個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。
本條第壹款第壹項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的範圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體範圍、標準和實施步驟由國務院確定，並報全國人民代表大會常務委員會備案。