代扣個人所得稅的手續費是指扣繳義務人在為納稅人代扣代繳稅款時，稅務機關支付的百分之二的手續費作為報酬。這筆手續費不屬於征稅收入，因此不需要繳納個人所得稅。企業在代扣代繳員工個稅時，可以從稅務機關獲得2%的手續費返還，這筆返還收入涉及增值稅、企業所得稅、個人所得稅和車船稅等稅種。如果是負責代扣代繳工作的辦稅人員獲得手續費返還，則暫免征收個人所得稅；若非辦稅人員獲得，則應按工資、薪金所得計算繳納個人所得稅。
個稅退付手續費的計算方式：
1. 手續費率：通常由銀行或財務處理機構設定，可能是固定金額或者是退付金額的壹定比例；
2. 退付金額：指個人所得稅退稅的具體金額，手續費將基於此金額計算；
3. 收費標準：不同的銀行或機構可能有不同的收費標準，需要提前了解清楚；
4. 最低費用：部分機構會設定最低手續費，即使退稅金額很小，也需支付最低費用；
5. 最高限額：對於大額退稅，可能會設有手續費的最高限額，以避免費用過高；
6. 政策規定：稅務機關可能會對退稅手續費有相關規定，需遵循相關政策。
綜上所述，個稅退付手續費是指代扣個人所得稅時稅務機關支付的2%手續費作為報酬，不需要繳納個人所得稅。企業代扣代繳員工個稅可獲得2%手續費返還，涉及多種稅種。辦稅人員獲得手續費返還暫免征收個人所得稅，非辦稅人員則需按工資所得計算繳納個人所得稅。
法律依據：
《國家稅務總局關於發布〈個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）〉的公告》
第十七條
對扣繳義務人按照規定扣繳的稅款，按年付給百分之二的手續費。不包括稅務機關、司法機關等查補或者責令補扣的稅款。扣繳義務人領取的扣繳手續費可用於提升辦稅能力、獎勵辦稅人員。