(1)缺乏對個體工商戶的會計管理我國頒布的《會計法》在理論上與個體工商戶並無太大沖突，部分準則同樣適用於個體工商戶，但個體工商戶並未納入《會計法》的管理範圍。個體工商戶原則上不適用本法。個體工商戶需要會計管理，但並不是所有的個體工商戶都需要設置會計賬簿，進行會計核算。對於稅收的征收，需要要求符合壹定條件的個體工商戶建立會計賬簿，進行核算。
(2)代理記賬成為主流。大部分個體戶沒有能力建立完整的會計制度，只能記錄日常賬目。很難要求他們獨立建立會計制度，因此代理記賬成為個體工商戶建立賬戶的主要方式。但是市場上的代理記賬公司參差不齊，很多公司為了收取更高的利潤，會使用壹些不正規的軟件記賬。個別“代理記賬公司”無代理記賬資質(市財政局批準的代理記賬許可證、會計上崗證等。)，並且可以避免出現問題，損害委托單位的利益。其次，代理記賬市場收費混亂，有的隨意定價，加重了個體工商戶的經營負擔，甚至導致個體工商戶對整個會計制度的抵觸。
(3)個體工商戶的會計制度不健全。個體工商戶會計科目設置混亂，沒有根據自身實際經營情況生搬硬套會計賬簿。經常出現歧義。根據稅法有關規定，有固定經營場所的個體工商戶應當按照《個體工商戶會計制度》建立自己的會計賬戶。而很多個體工商戶的業主甚至不設置會計科目，仍然實行流水賬，這給他們的日常經營帶來隱患，也給稅務機關帶來麻煩，容易導致稅收征收不當，損害自身利益。
來源:錦繡2020年年中第9期