但公檢法三機關聯合辦案有利有弊。
好處:
1，相互配合，有利於節約資源，減少不必要的浪費。公安機關分頭辦案，難免推諉，“踢皮球”。這會給國家和有關方面的利益造成損失。此時，公安機關和檢察機關聯合辦案，可以有效防止相互推諉、踢皮球的情況發生，減少不必要的浪費。
2.有利於快速有力地打擊犯罪。眾所周知，犯罪嫌疑人作案後絕不會坐以待斃，他們很可能為了逃避法律制裁而不擇手段。此時，公安機關和檢察機關聯合辦案，使偵查、逮捕、起訴、審判等壹系列刑事訴訟程序得以快速完成，可以有效打擊犯罪，維護社會長治久安。
缺點:
1，片面強調相互配合會削弱制約和監督的功能。按照國家現行刑事訴訟法的設計，在偵查、控制、審判三個環節都有壹定的約束。但如果談分工和制約，片面強調三者之間的配合，就會使三個明確界定的訴訟環節和各自的功能趨同或混淆。原本後面有監督制度的環節，容納了前壹個環節的壹些缺點，久而久之，就變得獨斷專行，成為壹種習慣，導致制度的弱化甚至虛無。
2.三者強調合作關系，動搖了法院的中立立場。中立，特別是刑事訴訟中的中立，是指“相關事項的裁決者或處理者對與該事項有利害關系或直接關系的訴訟當事人應保持公正的態度，不得有任何壹方的偏見或歧視。”法官是中立的，法院在行使刑事管轄權時必須是中立的，沒有人會提出任何異議，否則審判就是形式上的，少了實質性。只有法庭中立，法官中立，才能客觀公正地對待控辯雙方，才能理性公正地判斷事實和適用法律。只有這樣，才能保證案件的客觀公正，正確履行法律賦予的神聖職責。中立性要求裁判事先不對任何壹方有任何支持、好感或歧視、偏見。但由於公檢法三機關相互配合的法律原則，需要落實。而且由於法律只允許公、檢、法機關相互配合，不要求也不允許法院與訴訟對方配合，所以相互配合的結果是顯而易見的。可見，所謂的配合，只能讓法庭失去裁判的理性和意見，失去中立的基本立場。天平明顯傾斜，訴訟三角明顯變形。
3.其中對協調的強調使得辯護功能萎縮，不利於保護犯罪嫌疑人、被告人的合法權益。我國刑事訴訟法第二條明確規定，刑事訴訟的目的是為了懲罰犯罪分子，保護無辜的人不受刑事追究。首先，合作使控方的觀點能夠在庭審前傳遞給庭審壹方，使後者先入為主，日後拒絕辯方的意見。其次，控方可以隨時以配合為由要求審判方理解其錯誤或缺陷，從而支持控方的觀點。最後，事前和事後的配合使得法庭審判形式化，辯護成為擺設，辯方的意見不能被采納，甚至被告人的辯護被理解為抗拒翻供，導致不良後果。弱小的被告反對強大的公權力聯盟陣營，只能成為“專政對象”，其合法權益往往難以保障。