然而，“特殊性稅務處理”真的是餡餅，比選擇“壹般性稅務處理”更加優惠嗎？下面舉例來分析選擇“特殊性稅務處理”對重組企業整體稅負的影響。
甲公司持有A公司100%股權，該項投資的計稅基礎是1000萬元，公允價值10000萬元。2010年6月，甲公司與乙股份公司達成股權收購協議，乙股份公司收購A公司80%的股權，同時增發價值8000萬元的4000萬乙公司股份支付給甲公司。假如以上交易符合財稅[2009]59號規定的其他“特殊性稅務處理”的條件，甲乙雙方壹致選擇采用“特殊性稅務處理”處理該事項的企業所得稅事宜。
因甲乙雙方選擇采用“特殊性稅務處理”，根據財稅[2009]59號規定，乙公司取得的A公司80%股權的計稅基礎是800萬元（1000*80%），甲公司取得的乙公司4000萬股份的計稅基礎是轉讓的A公司80%股權的計稅基礎，即800萬元。
2011年9月，甲公司將乙公司4000萬股份轉讓給丙公司，轉讓價格9800萬元。2011年10月，乙公司將A公司80%的股權轉讓給丁公司，轉讓價格8800萬元。
不考慮甲乙公司的其他企業所得稅事項，甲、乙公司2011年度因股權轉讓應繳納企業所得稅為：
甲公司2250萬元（即：（9800-800）*25%）；
乙公司2000萬元（即：（8800-800）*25%）；
甲乙公司***繳納4250萬元。
如果2010年甲乙雙方不選擇“特殊性稅務處理”，而是采用“壹般性稅務處理”，則稅負情況如下：
2010年的股權收購環節，甲公司應繳納企業所得稅1800萬元（即：（8000-800）*25%）。
因甲乙雙方采用“壹般性稅務處理”，甲公司取得的乙公司的4000萬股份的計稅基礎是8000萬元，乙公司取得的A公司80%股權的計稅基礎是8000萬元。
2011年的股權轉讓環節納稅情況為：
甲公司450萬元（即：（9800-8000）*25%）；
乙公司200萬元（即：（8800-8000）*25%）；
甲乙公司***繳納650萬元。
經比較得出，在選擇“壹般性稅務處理”時，甲乙雙方在股權收購及轉讓環節***繳納企業所得稅2450萬元，比選擇“特殊性稅務處理”少繳納1800萬元。在兩種方式下，甲公司稅負相同，乙公司選用“特殊性稅務處理”比選用“壹般性稅務處理”多納稅1800萬元。
其原因是，在“特殊性稅務處理”方式下，股權收購方獲取的股權的計稅基礎是原計稅基礎；其公允價值與計稅基礎的差額，在股權的重組雙方再次轉讓重組時獲得的股權時納了兩次稅；而如果選用“壹般性稅務處理”，因計稅基礎的連續性，在股權轉讓方按被轉讓股權的公允價值納稅後，股權收購方取得股權的計稅基礎是公允價值。
在資產收購、企業合並、企業分立的重組交易中，如果重組各方選擇“特殊性稅務處理”方式，也會出現上述重復納稅的稅務處理結果。
而在原企業所得稅法規體系下，關於企業重組的計稅基礎的規定也有壹個發展的過程。
《國家稅務總局關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》（國稅發[2000]第118號）第四條第二款規定，如果企業整體資產轉讓交易的接受企業支付的交換額中，除接受企業股權以外的現金、有價證券、其他資產不高於所支付的股權的票面價值（或股本的賬面價值）20％的，經稅務機關審核確認，轉讓企業可暫不計算確認資產轉讓所得或損失。轉讓企業取得接受企業的股權的成本，應以其原持有的資產的賬面凈值為基礎確定，不得以經評估確認的價值為基礎確定。接受企業接受轉讓企業的資產的成本，須以其在轉讓企業原賬面凈值為基礎結轉確定，不得按經評估確認的價值調整。該文件的規定與財稅[2009]59號的規定的宗旨是壹致的，也會造成整體資產轉讓的重組雙方重復納稅。
但是，《國家稅務總局關於執行<企業會計制度>需要明確的有關所得稅問題的通知》（國稅發[2003]45號）改變這壹規定，其第六條第二款規定，符合《國家稅務總局關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號）第四條第（二）款規定轉讓企業暫不確認資產轉讓所得或損失的整體資產轉讓改組，接受企業取得的轉讓企業的資產的成本，可以按評估確認價值確定，不需要進行納稅調整。該文件結束了重組雙方重復納稅的稅務處理方式。
經以上分析，我們可以看到，財稅[2009]59號“特殊性稅務處理”在遞延納稅，降低重組雙方重組時的稅務負擔，促進合理的產業整合方面起到了積極作用，但同時也存在重復納稅的陷阱。擬重組的企業雙方應結合重組目的，分析遞延納稅的時間價值、重復納稅等因素的綜合影響，審慎選擇企業重組的企業所得稅稅務處理方式。
同時，我們也期待稅務管理當局能以“稅收中性 ”、“不重不漏”的稅收管理原則，改變財稅[2009]59號中計稅基礎的相關規定，使“特殊性稅務處理”不再存在陷阱，切實起到鼓勵產業整合的積極作用。