(壹)股權收購的壹般性稅務處理。財稅[2009]59號文規定，企業股權收購重組交易的稅務處理除符合本通知規定適用特殊性稅務處理規定的外，相關交易應采用以下壹般性稅務處理規定：
第壹，被收購方應確認股權、資產轉讓所得或損失；
第二，收購方取得股權或資產的計稅基礎應以公允價值為基礎確定；
第三，被收購企業的相關所得稅事項原則上保持不變。壹般性稅務處理的股權收購，收購企業和被收購企業股東具體涉及下列所得稅問題。
1、收購企業涉及的所得稅處理。
(1)支付對價涉及的所得稅處理。當收購企業支付的對價包括固定資產、無形資產等非貨幣資產時，雖然財稅〔2009〕59號文未明確規定應確認所涉及非貨幣資產的轉讓所得或損失，但由於資產的所有權屬發生了變化，收購企業應按稅法規定確認資產的轉讓所得或損失。
(2)取得被收購企業股權計稅基礎的確定。由於收購企業支付的對價無論是股權支付，還是非股權支付均是按公允價值支付的，因此按照所得稅的對等理論，依據財稅〔2009〕59號文的規定，收購企業應按公允價值確定被收購企業股權的計稅基礎。
2、被收購企業股東涉及的所得稅處理。
(1)放棄被收購企業股權涉及的所得稅處理。股權收購過程中，被收購企業股東放棄被收購企業股權而取得收購企業支付的股權和非股權，其實質應分解為兩項業務，即先轉讓被收購企業股權，然後再以轉讓收入購買股權或非股權支付，因此依據財稅〔2009〕59號文的規定，被收購企業股東應確認股權轉讓所得或損失。
(2)取得股權支付和非股權支付計稅基礎的處理。由於被收購企業股東確認了放棄被收購企業股權的轉讓所得或損失，因此按照所得稅的對等理論，對其取得的股權支付和非股權支付均應按公允價值確定計稅基礎。
(二)股權收購的特殊性稅務處理。財稅〔2009〕59號文規定，股權收購同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：
①具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；
②收購企業購買的股權不低於被收購企業全部股權的75%；
③收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%；
④企業重組後的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；
⑤企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組後連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。符合特殊性稅務處理條件的股權收購，收購企業和被收購企業股東具體涉及下列所得稅問題。
1、收購企業涉及的所得稅處理。
(1)支付對價涉及的所得稅處理。收購企業支付非股權對價涉及的所得稅問題，同前面所述壹般性稅務處理規定。這裏應註意的是，財稅〔2009〕59號文規定的特殊性稅務處理，不僅涉及股權支付應如何進行所得稅處理，還涉及收購企業支付非股權對價的所得稅處理，但無論是壹般性稅務處理還是特殊性稅務處理，凡收購企業支付對價涉及非股權等其他非貨幣性資產的，均應按稅法規定確認其轉讓所得或損失。
(2)取得被收購企業股權計稅基礎的確定。由於符合特殊性稅務處理條件的股權收購業務，被收購企業股東可暫不確認股權轉讓所得或損失。因此，按照所得稅的對等理論，依據財稅〔2009〕59號文的規定，收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定。
2、被收購企業股東涉及的所得稅處理。
(1)放棄被收購企業股權是否確認股權轉讓所得或損失。為支持企業進行重組，緩解納稅人在資金上的納稅困難，依據財稅〔2009〕59號文的規定，符合特殊性稅務處理條件的股權收購業務，被收購企業股東可暫不確認股權轉讓所得或損失。這裏應註意，如果被收購企業股東除取得收購企業的股權外，還取得收購企業支付的非股權支付，被收購企業股東應確認非股權支付對應的資產轉讓所得或損失，並調整相應資產的計稅基礎。
(2)取得股權支付和非股權支付計稅基礎的確定。收購企業支付對價(股權支付及非股權支付)取得被收購企業股權，其實質相當於被收購企業股東以其持有的被收購企業股權換取收購企業的股權及非股權支付。站在被收購企業股東壹方看，其取得的股權支付可以理解為，被收購企業股東將其持有的被收購企業股權的壹部分與收購企業的股權進行了交換，由於按照財稅〔2009〕59號文的規定，可暫不確認此部分股權的轉讓所得或損失，所以應按用於交換部分股權的原計稅基礎作為取得收購企業股權的計稅基礎。另壹方面，其取得的非股權支付可以理解為，被收購企業股東將其所持有的被收購企業股權的壹部分進行了轉讓，獲得的利益是取得收購企業支付的非股權支付額，按照財稅〔2009〕59號文的規定，應確認這部分利益對應的股權轉讓所得或損失。非股權支付對應的資產轉讓所得或損失=(被轉讓資產的公允價值-被轉讓資產的計稅基礎)×(非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值)。所以，非股權支付的計稅基礎應為對應股權的原計稅基礎加上確認的轉讓所得或損失，即非股權支付額的公允價值。