(1)企業在匯算清繳期內繳納的所得稅按年計算，按月或按季預繳。
納稅人應於月份或季度結束後15日內，向當地主管稅務機關報送會計報表、預繳所得稅申報表及應由稅務機關核準或備案的有關稅務事項；年度終了後四十五日內，向當地主管稅務機關報送會計決算報表和所得稅申報表，年度終了後五個月內結清所欠稅款。預繳稅款超過應納稅額的，主管稅務機關應當及時退稅或者抵扣下壹年度應納稅額。
應該指出的是:
1.按月或按季預繳所得稅的納稅人，應在年度終了後15日內申報預繳納稅年度最後壹個預繳期的稅款，不得延期到匯算清繳時申報預繳。
2.納稅人已按規定預繳稅款，因特殊原因不能在規定期限內進行年度企業所得稅納稅申報的，應當在申報期限內提出書面延期申請，經主管稅務機關批準後，在批準的期限內辦理。
3.納稅人因不可抗力不能按期辦理納稅申報的，可以延期辦理；但是，應當在不可抗力情形消除後立即向主管稅務機關報告。主管稅務機關應當查清事實，予以批準。
4.納稅人在納稅年度中間破產或者終止生產經營活動的，應當自停止生產經營活動之日起30日內向主管稅務機關進行企業所得稅申報，60日內匯算清繳企業所得稅，並依法計算清算期間的企業所得稅，結清應納稅款。
5、納稅人在納稅年度中間發生合並、分立的，根據稅收法律法規的規定，合並、分立後納稅人身份發生變化的，應在變更稅務登記前辦理企業所得稅申報，及時匯算清繳稅款；納稅人身份不變的，可以連續計算納稅年度。
(2)最終結算支付程序
1.填寫納稅申報表並附上相關材料。
納稅人應於年度終了後四個月內，依據財務報表進行納稅調整，並填寫年度納稅申報表及其附表[包括銷售(營業)收入及其他收入附表、成本附表、投資收益(損失)附表、納稅調整增加附表、納稅調整減少附表、稅前損失補償附表、免稅收入及減稅附表、捐贈支出附表、技術開發費加計扣除附表、境外所得稅扣除計算明細表、 廣告費用明細清單、資產折舊攤銷明細清單、壞賬損失明細清單、事業單位、社會團體、民辦非企業單位收入項目明細清單、事業單位、社會團體、民辦非企業單位支出項目明細清單]，並向主管稅務機關辦理年度納稅申報。 納稅人除提供上述所得稅申報表及其附表外，還應當附送下列有關資料:
(1)財務會計年度決算報表及其說明材料。包括資產負債表、利潤表、現金流量表及其他相關財務資料；
(二)與納稅有關的合同、協議和憑證；
(3)經營活動的稅收管理證明和異地納稅證明；
(四)境內外公證機構出具的相關證明文件；
(五)應由稅務機關核準或備案事項的相關信息；
(六)主管稅務機關要求的其他相關文件和資料。
2、稅務機關受理申請，並對提交的材料進行審查。
(1)主管稅務機關在收到納稅人或扣繳義務人提交的納稅申報表或扣繳稅款報告表後，如發現其名稱、電話、地址、銀行賬號等基本信息發生變化，主管稅務機關將要求納稅人提供變更依據；變更屬於其他部門管理範圍的，督促納稅人到相關部門辦理變更手續，並將變更依據復印件移交主管稅務機關。
(2)主管稅務機關對申報內容進行審核，主要檢查稅目、稅率、計稅依據是否完整正確，計稅是否準確，所附資料是否完整符合邏輯，是否進行了納稅調整。如果在審核過程中發現納稅人的申報存在計算錯誤或遺漏，將及時通知納稅人進行調整、補充、修正或限期重新申報。納稅人應根據稅務機關的通知進行相應的修改。
(三)主管稅務機關核實後，確定當年應繳納的企業所得稅額和應補繳的企業所得稅額，或者退還或抵扣下壹年度多繳納的企業所得稅。
3、主動糾正報告錯誤。
納稅人在年度終了後四個月內發現年度納稅申報有誤的，根據《企業所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的有關規定:納稅人在辦理年度所得稅納稅申報後，可以填報企業所得稅年度納稅申報表，主動向稅務機關申報更正錯誤，稅務機關將據此調整年度應納所得稅額和補退稅額。
4.結清稅款
納稅人應當在年度終了後4個月內，按照年度應納所得稅額、主管稅務機關確定的應退稅額和已退稅額進行納稅。納稅人預繳的稅款少於全年應納稅額的，補繳的稅款應當在4月底前繳入國庫；預繳稅款超過全年應納稅額的，應當辦理抵押或者退稅手續。
5.申請延期納稅。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則的有關規定，納稅人有以下特殊困難:
(1)發生水、火、風、雷、海嘯、地震等自然災害，或者發生盜竊、搶劫應稅現金、支票等財產等事故，給納稅人造成重大損失，對正常生產經營活動造成較大影響的。納稅人應提供公安機關出具的災情報告或事故證明；
(2)由於國家調整經濟政策的直接影響，或短期支付拖欠，當期貨幣資金扣除應付職工工資和社會保險費後不足以納稅。納稅人應提供相關政策調整的依據或提供支付違約證明和違約方不能按時支付的證明。
因此，納稅人不能按期繳納稅款的，應在納稅期限屆滿前向主管稅務機關提出申請(壹般應在納稅期限屆滿前15日內向當地主管稅務機關提出申請，具體請參照當地稅務機關的規定)，並提交以下材料:延期繳納稅款申請報告、當期貨幣資金余額、 所有銀行存款賬戶報表、資產負債表、應付職工工資和社會保險費以及稅務機關要求的其他支出預算。 經省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局或者計劃單列市國家稅務局、地方稅務局批準，可以延期繳納稅款，最長不超過三個月。
稅務機關自收到延期納稅申請報告之日起20日內，作出批準或者不批準的決定；不批準的，從納稅期限屆滿之日起，對納稅人加收滯納金。