高技術司負責高技術產業、戰略性新興產業發展工作，會同有關方面推進數字經濟發展，負責國家數字經濟創新實驗區工作。
具體職責如下：
1. 組織擬訂戰略性新興產業發展戰略、規劃和重大政策，協調解決重大問題，牽頭建立戰略性新興產業部門協調機制。
2. 牽頭擬訂國家戰略性新興產業發展規劃、重大政策並協調實施。牽頭推進數字經濟發展，負責國家數字經濟創新實驗區工作。
3. 擬訂國家重大信息化基礎設施建設規劃，負責信息基礎設施建設協調和管理。
4. 負責電子政務統籌協調和監管。
5. 負責推進“中國制造2025”相關工作。
6. 研究制定和實施高技術產業、戰略性新興產業和創新能力建設相關規劃和政策，負責國家創新驅動戰略的綜合協調，推進創新體系建設和科技體制改革，牽頭國家技術轉移體系建設，牽頭國家實驗室建設，負責產業技術創新戰略聯盟的指導協調工作。
7. 推動軍民融合深度發展，組織軍民科技協同創新，牽頭中央軍民科技工業管理部門日常管理，負責國家民用空間基礎設施建設管理的協調工作。
8. 會同有關部門擬訂生物產業發展規劃、政策和措施並指導實施。
9. 指導國家自主創新示範區、國家高新技術產業開發區等建設，承擔區域資源型城市轉型等有關工作。
10. 承擔國家技術轉移體系工作，提出科技成果轉移轉化及產業化、促進產學研深度融合、科技知識產權創造的相關政策措施建議，推動科技服務業和科技中介組織發展，負責國家自主創新示範區、國家高新技術產業開發區等綜合協調工作。
11. 承擔優化調整政府職能，加強事中事後監管方面的相關工作。
12. 配合國家發展和改革委員會反壟斷局做好相關工作。
13. 承辦委領導交辦的其他事項。