國家稅務總局公告2011年第78號《關於未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》
壹、針對主體不同：
國家稅務總局公告2011年第50號《關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》針對逾期且未認證的增值稅扣稅憑證；
國家稅務總局公告2011年第78號《關於未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》針對增值稅壹般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息但未按照規定期限申報抵扣；
二、申報方式上：
國家稅務總局公告2011年第50號《關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》規定：對增值稅壹般納稅人發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額；
國家稅務總局公告2011年第78號《關於未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》規定：增值稅壹般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息但未按照規定期限申報抵扣；實行納稅輔導期管理的增值稅壹般納稅人以及實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對後抵扣”管理辦法的增值稅壹般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結果相符但未按規定期限申報抵扣，屬於發生真實交易且符合本公告第二條規定的客觀原因的，經主管稅務機關審核，允許納稅人繼續申報抵扣其進項稅額。
從這方面看，新辦法操作起來更加方便。
三、對“客觀原因”的解釋上：
國家稅務總局公告2011年第78號《關於未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》取消了50號公告中：增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；的情形。這應該是因為已經認證過的增值稅扣稅憑證不太會出現這些情形；
四、在有效時限上：
國家稅務總局公告2011年第50號《關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》規定：2007年1月1日以後開具的增值稅扣稅憑證未能按照規定期限辦理認證或者稽核比對（以下簡稱逾期）抵扣問題，按本公告規定自2011年10月1日起執行；
國家稅務總局公告2011年第78號《關於未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》規定：增值稅壹般納稅人取得2007年1月1日以後開具，本公告施行前發生的未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證，可在2012年6月30日前按本公告規定申請辦理，逾期不再受理。本公告自2012年1月1日起施行；
兩個公告均未設定後期有效期限。只是78號公告對於2007年1月1日以後開具的發票至2012年1月1日（註：已超抵扣時限）止這個時段的，最晚在2012年6月30日處理。