國庫集中支付的操作流程如下：
1、預算單位向財政部門提交用款計劃
預算單位根據實際需要，向財政部門提交用款計劃，包括用款用途、用款時間等。用款計劃需要經過主管部門和財政部門的審批。
2、財政部門審核用款計劃
財政部門對預算單位提交的用款計劃進行審核，包括用款計劃的合理性和必要性、是否符合預算安排等。審核通過後，財政部門將用款計劃納入國庫集中支付系統。
3、國庫集中支付系統處理支付指令
國庫集中支付系統根據財政部門審核通過的用款計劃，生成支付指令。支付指令包括收款人信息、支付金額、支付時間等。國庫集中支付系統將支付指令發送給代理銀行和收款人。
4、代理銀行完成資金支付
代理銀行根據支付指令，完成資金支付。代理銀行需要核對收款人信息、支付金額、支付時間等信息，確保支付指令的準確性和完整性。資金支付完成後，代理銀行將支付結果反饋給國庫集中支付系統。
5、國庫集中支付系統處理支付結果
國庫集中支付系統接收代理銀行反饋的支付結果，並進行處理。如果支付成功，則更新相應的預算單位賬戶余額；如果支付失敗，則重新發送支付指令或者取消該筆支付。同時，國庫集中支付系統還需要定期與代理銀行進行對賬，確保資金支付的準確性和完整性。
國庫集中支付的特點
1、集中管理
國庫集中支付將各預算單位的財政資金集中到國庫單壹賬戶中，由財政部門進行集中管理。這種管理模式有助於提高財政資金的管理效率和透明度，減少資金滯留和浪費。
2、直接支付
國庫集中支付采用直接支付的方式，將財政資金直接支付給商品和勞務供應商或用款單位，避免了傳統撥款方式下的層層轉撥和滯留。這種支付方式有助於提高資金的使用效率和支付的及時性。
3、嚴格監管
國庫集中支付建立了嚴格的監管機制，對預算單位的用款計劃進行審批，對支付指令進行核對和監控。這種監管機制有助於確保財政資金使用的合規性和合法性，防止腐敗和違規行為的發生。