哈爾濱市國家稅務局設2個直屬機構，級別為正處級。
1. 稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
內設機構：辦公室、綜合選案科、案件審理科、案件執行科、檢查壹至三科。
第壹稽查局。組織貫徹稅務稽查規章制度，負責動力區、開發區的稅務稽查工作。級別為副處級。
第二稽查局。組織貫徹稅務稽查規章制度，負責道裏區、香坊區、松北區的稅務稽查工作。級別為副處級。
第三稽查局。組織貫徹稅務稽查規章制度，負責道外區、全市涉外企業的稅務稽查工作。級別為副處級。
第四稽查局。組織貫徹稅務稽查規章制度，負責南崗區、平房區的稅務稽查工作。級別為副處級。
2. 直屬稅務分局
負責對所轄市屬以上重點稅源企業和涉外企業的監控、管理和有效服務，具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織實施納稅評估、處理壹般性違規違章行為等。
內設機構：辦公室、政策法規科、征收管理科、計劃征收科、稅源管理壹至五科。