預算績效管理系統中使用的方法與內部控制中的控制方法壹致，如職責劃分、授權和批準。目的是提高組織的績效，提高預算的執行力，規避預算編制、執行和考核中面臨的各種風險。
二，內部控制視角下行政事業單位預算績效管理存在的問題
1.缺乏對預算資金內部控制的認識。行政事業單位的內部控制對象是單位經濟活動的風險，因此預算績效管理屬於內部控制管理的範疇。然而，壹些單位將預算績效管理與內部控制完全分開。他們抱怨說，年度預算執行完成後，需要進行績效評估。現在，內控規範已經出臺。他們認為行政事業單位使用財政資金，追求社會效益，與追求經濟效益的企業不同。預算績效管理和內部控制在行政事業單位中並不重要。這些誤區不利於預算績效管理的進壹步推進。
2.績效評價不能反映內部控制的要求。目前，我國中央和地方各級財政部門研究設計了財政支出績效評價指標體系，基本反映了貫穿預算管理全過程和每個環節的績效管理要求，但不能全面反映內部控制對財政資金管理和使用的要求。主要表現在預算資金編制籠統，年度預算沒有嚴格有效執行，導致資金利用率低，超支，阻礙了事業單位的有效部署和及時開展工作。財產購置不合理，財務管理不嚴，未對貨物出入庫進行登記，未將部分低值易耗品計入材料賬，而是直接記為費用，影響賬目清晰。缺乏有效的財產清查制度，未按規定對單位資產進行定期、全面、合理的清查，及時避免事業單位資產流失。績效考核流於形式，沒有實際效果。
3.績效管理無法與風險評估有效掛鉤。內部控制規範應基於對經濟活動風險的定期、全面、系統和客觀的評估。在預算績效管理中，通過績效目標的跟蹤管理，可以統計績效數據，分析預算執行情況，及時發現和發現單位經濟活動的風險點，實現定期風險評估，並可以作為完善內部控制的依據。目前，大部分預算績效管理工作是由行政事業單位在財政部門的要求和組織下，對部分財政性資金項目進行績效評價後開展的。各單位積極自覺開展預算績效管理的積極性不高，未實現預算績效管理的全過程，行政事業單位風險評估和控制無法實施，影響了內部控制規範的實施效果。
三、從內部控制角度完善行政事業單位預算績效管理的對策
1.按照分權制衡、自主運行、公開透明的原則，逐步建立和優化行政事業單位法人治理結構。明確行政事業單位利益相關者的權利、義務和責任，以公益目標為導向，構建規範合理的治理結構和運行機制，完善內部激勵機制和健全外部監督體系，實現決策、執行、監督的有效制衡，形成自主運行、自我發展、自我約束、自我管理的行政事業單位現代運行新模式。
2.根據內部控制的要求，科學設計績效評價指標體系。內控不是另起爐竈，而是穿針引線。應將內部控制理念融入預算績效管理，實現預算績效管理與內部控制的融合。績效評價是預算績效管理的核心環節。績效評價指標設計是否科學規範，直接影響預算績效管理的實施質量。行政事業單位在預算績效管理過程中，應識別內部風險和外部風險，確定重點，有針對性地修改和完善績效評價指標體系。
壹是在項目決策上，建立和實行集體研究與專家論證、技術咨詢相結合的決策審議機制，對重大經濟事項實行集體決策或建立項目評估制度。
二、在項目管理中，建立健全合同內部管理制度，定期分析預算執行情況，確保不相容職務分離。
三是在項目實施中，定期組織預算執行評估，動態監控預算執行情況，發揮績效管理的激勵約束作用。
第四，項目實施後，及時采取必要的措施。盡快糾正預算執行中發現的偏離績效目標的情況；對預算執行中提出的預算調整事項，嚴格執行預算調整程序。
3.積極推進信息化建設，提高預算績效管理效率。在推進行政事業單位信息化建設過程中，設計開發符合預算績效管理需求的子系統。子系統應包括績效目標設定、預算編制、執行跟蹤管理、績效評價報告提交、績效評價結果應用等。充分發揮信息技術在政府預算績效管理中的信息收集、比較、分析和共享作用，實現預算績效管理與信息系統的有效銜接，提高預算績效管理效率。