2．從工作重心上來講二者存在不同。績效審計要求審計人員更多地關註政策實施或者專項財政支出的效果，其審計主要目標是分析和評判結果相對既定政策資金目標的實現程度，至於是否在財務收支環節上存在問題不是績效審計項目本身最為關註的主要目標；而傳統的財務收支審計則更多地關註是否存在問題，特別是財務收支的規範性、真實性問題。
3．從所起的作用上來講二者存在不同。績效審計能夠為政府評判公***政策的制定實施和公***財政支出的科學性、合理性、公平性、有效性等提供有效的依據，為促進政府進壹步提高公***管理水平和公***服務質量發揮重要作用；同時開展績效審計也是政府實施問責機制的前提和基礎。而傳統的財務收支審計主要目的在於促進財務收支的真實性和合規性，對存在財務問題的單位和行為進行處罰，在目前的行政環境中具有較大的威懾作用。
4．從工作方式來講二者存在不同。傳統的財務收支審計無論是手工查賬還是計算機輔助審計都是以“賬”為中心，通過查閱賬目的形式進行審計。而對績效審計來說，查閱賬目收支只是審計項目的壹個基礎環節，更多的精力需要投入到對“果”的調查取證以及分析環節，在這些環節中可能需要用到專家論證、抽樣調查、調查問卷、網絡調查、現場勘察等多種調查手段和方法，並運用系統分析、數量分析、統計分析、模型分析等多種科學分析方法幫助得出審計結論。
5．從參與人員來講二者存在不同。從我們現有的審計人員隊伍專業結構可以看出，傳統財務收支審計往往只需要審計人員具備財務審計以及相關財稅法規政策就可以開展工作。而績效審計由於其工作方式和評價對象的多元化和特殊性，決定了審計人員必須相應具備多元化的知識結構。因此必須加大現有審計人員多領域知識的學習和培訓力度，必要時聘請相關專家學者加入，以滿足績效審計工作對能力支撐的要求。