2006年，國家稅務總局發布《關於個人因公務用車制度改革取得補貼收入有關個人所得稅問題的通知》(國〔2006〕245號)，規定因公務用車制度改革以現金和報銷形式支付給職工個人的收入，應視為個人取得公務用車補貼收入，按“工資、薪金所得”項目征收個人所得稅。
本通知明確，因公務用車制度改革產生的車補，無論是以現金形式還是以票據報銷形式發放，均為個人所得稅應稅所得。發放個人購車補貼時，扣除壹定標準公務費用後，按“工資、薪金”收入項目計算扣繳個人所得稅。
公車改革明確規定，公車改革補貼不是福利補貼。補貼應計入當月對“工資、薪金”所得征收的個人所得稅。這部分補貼包含在裏面，會對能不能征收，會不會影響稅率，怎麽征收產生影響。稅務機關將在壹份新文件中對此進行解釋。目前，國家稅務總局沒有配套的、明確的、完整的、統壹的公務交通補貼稅收政策。
第二，各地執行政策不同
部分省市相繼出臺公務交通補貼個人所得稅政策，差別較大。
據實推演:豫、陜、陜三省分別通過了三個不同的文件(蔡羽財稅[2065 438+05]82號，(陜西財稅[2065 438+05]10號)，(鄭錦辦發[2065 438+05]10號)。
標準扣除類別:內蒙古自治區2016年發文(國稅發[2016]376號)，規定在補貼標準內取得的公務交通補貼收入，允許在征收個人所得稅時稅前扣除。
比例扣除:河北省下發的河北地稅[2009]46號規定，交通補貼(包括報銷、現金等。)單位支付給職工個人的，作為個人所得並入個人所得，征收個人所得稅。
限額扣除類別:海南省地方稅務局1號公告(2016)，規定了不同等級的扣除限額，並規定超出部分作為個稅入賬。標準如下:(1)局級每人每月在1.950元的額度內，按實際獲得的金額扣除。(二)縣級每人每月在1200元的額度內按實際人數扣除。(三)鄉級及以下，每人每月在750元定額內按實際收獲數扣除。個人在補貼收入中取得超過上述標準的公務交通，當月並入“工資薪金”所得征稅。
遼寧省稅務局遼國稅發〔2009〕76號文件明確，在實行公務用車制度改革的單位，車改由本單位職工以現金或報銷形式取得的補貼收入，扣除公務費用的70%後，並入“工資薪金所得”征收個人所得稅。公務支出最高扣除額為每月2500元，超出部分並入“工資、薪金所得”繳納個人所得稅。
寧夏回族自治區漢[2006]123號規定，扣除壹定的公務費用後征收個人所得稅。具體扣除標準為:現金支付的，每人每月扣除費用不超過1200元；憑票報銷的，每人每月扣除不超過1800元。憑票報銷的費用包括:燃油(氣)費、保險(個險、車險)、過路過橋費、停車費、養路費。
按實際扣除，扣除多少，並提供相關憑證進行扣除；標準扣除操作比較簡單，劃分壹套標準線，直接稅前扣除；比例扣除類似於標準扣除，但沒有標準扣除強。