焦作市國家稅務局下轄6個縣（市）局、4個區局和1個高新區局，名稱分別為：
河南省博愛縣國家稅務局；河南省沁陽市國家稅務局；
河南省孟州市國家稅務局；河南省溫縣國家稅務局；
河南省修武縣國家稅務局；河南省武陟縣國家稅務局；
焦作市解放區國家稅務局；焦作市山陽區國家稅務局；
焦作市馬村區國家稅務局；焦作市中站區國家稅務局；
焦作高新技術產業開發區國家稅務局。
各縣（市）區國家稅務局內設7個行政機構，1個直屬機構，1個事業單位，級別為正股級。
（壹）行政機構
1、辦公室
制定局機關和本系統的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；管理機關財務等後勤保障及機關行政事務工作；負責局機關和本系統目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。
2、政策法規科
負責流轉、所得、涉外、出口退稅等稅收政策的貫徹落實；負責增值稅專用發票管理；負責金稅工程及相關系統的日常管理和稽核管理工作；負責增值稅其他抵扣憑證的稽核工作；負責協定的執行、外國居民稅收監管等國際稅務事項的具體實施工作；負責反避稅、情報交換、開具售付匯憑證等事項的協助調查工作；負責外商投資企業和外國企業所得稅納稅評估和稅務審計工作；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；負責對出口企業的認定、退免稅申報的受理、審核工作，組織落實本地出口貨源征稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作；負責年度稅收資料調查工作。
3、征收管理科
負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項；負責稅務登記、納稅申報、稅款征收和稅收資料等的管理；牽頭組織對征管質量的綜合考核；負責組織征管軟件的推廣和應用；牽頭負責納稅評估的組織實施和指導、協調、管理工作；負責納稅服務的組織、管理工作；負責稅務師事務所、註冊稅務師執業情況的日常監管。
4、人事教育科
負責研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作;負責實施能級管理制度；負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責黨建、工會、***青團和婦聯工作。
5、監察室
負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作。
6、計劃統計科
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計等信息數據的統計和分析工作；負責編制和分配稅收計劃、指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅款征收信息的集中處理和會計核算工作，組織並檢查稅款征收、解庫、提退等制度的執行；負責監控重點稅源；負責稅收票證的管理。
7、辦稅服務廳
負責辦稅服務廳主要負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法宣傳、金稅發售、報稅稽核、咨詢輔導和受理減免申請及有關優惠政策申請等。
（二）直屬機構
稽查局 負責執行上級下達的稅收檢查計劃；負責稅收專項檢查的組織和實施工作；負責本級承辦的稅務違法案件的查處工作；負責稅收案件舉報的受理、查辦；負責金稅工程發票和其他稅務違法案件的協查工作；負責組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作。
（三）事業單位
信息中心 負責組織稅收管理、綜合行政管理等信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡與涉稅信息等綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓；根據工作需要，對征管數據進行質量審核、加工處理、綜合分析等；負責網絡及系統安全管理工作。
（四）派出機構
縣（市）區局的派出機構為稅務分局，級別為副科級，為非全職能機構，全市設稅務分局40個，其中：博愛局4個、沁陽局4個、孟州局4個、溫縣局5個、修武局4個、武陟局5個、解放局4個、山陽局5個、中站局2個、馬村局3個。
稅務分局主要負責對所轄稅源的監控管理工作，對轄區內納稅人實行分類管理和有效服務。具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅收預測和分析、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、稅務審計、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織實施納稅評估、處理壹般性違規違章行為和零星稅款的征收等。
（五）焦作高新技術產業開發區國家稅務局的內設機構合並設置為7個，分別為：辦公室、計劃統計科、政工科、綜合業務科、辦稅服務廳、稅源管理壹科、稅源管理二科；設事業單位1個，即：信息中心；不設直屬機構，即：稽查局。