開出紅字發票申請單當月可以做進項稅轉出，也可以做沖減進項稅。隔月收到紅字發票和正確的藍字發票，要分別做進項稅轉出或進項稅沖減以及確認進項稅的兩筆分錄。
《國家稅務總局關於紅字增值稅發票開具有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第47號）的規定，購買方取得專用發票已用於申報抵扣的，購買方可在增值稅發票管理新系統（以下簡稱“新系統”）中填開並上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》）以下簡稱《信息表》），在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票後，與《信息表》壹並作為記賬憑證。
擴展資料根據《國家稅務總局關於推行增值稅發票系統升級版有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第73號）第四條規定：“專用發票尚未交付購買方或者購買方拒收的，銷售方應於專用發票認證期限內在增值稅發票系統升級版中填開並上傳《信息表》。”
根據《國家稅務總局關於調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）第壹條規定：“增值稅壹般納稅人取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統壹發票和機動車銷售統壹發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，並在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。”
因此，發票超過180天未認證，不可以申請開具紅字發票。
上海松江區稅務總局-關於開具紅字增值稅發票的常見問題和操作說