科技局屬於國家行政機關，裏面就是所謂的公務員。
科協屬於社會團體，但比較特殊，是參照公務員法管理單位，編制由組織部確定，屬於同級相關主管部門管轄下，相同性質的還有作協，紅十字會等。
二、職能不同：
科協主要任務是開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。中國科協以及省市區科協的壹些下屬單位是事業單位。
科技局是管理科技事物、行政執法。
三、性質不同：
“科協”，是科學技術協會簡稱，是科技工作者的群眾組織和人民團體，不是政府部門，沒有行政執法權，因而也不屬於行政單位。
各級科學技術學會，作為同級黨和政府聯系科學技術工作者的橋梁和紐帶，作為推動科學技術事業發展的重要力量，主要任務是開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。中國科協以及省市區科協的壹些下屬單位是事業單位。
科學技術局，研究擬定科技發展戰略、中長期規劃和年度計劃；研究提出合理配置科技經費的意見和建議；負責歸口管理的科學事業費、“科技三項費用”等有關經費的預、決算。
《地方各級人民政府機構設置和編制管理條例》
第九條地方各級人民政府行政機構的設立、撤銷、合並或者變更規格、名稱，由本級人民政府提出方案，經上壹級人民政府機構編制管理機關審核後，報上壹級人民政府批準；其中，縣級以上地方各級人民政府行政機構的設立、撤銷或者合並，還應當依法報本級人民代表大會常務委員會備案。
第十條地方各級人民政府行政機構職責相同或者相近的，原則上由壹個行政機構承擔。行政機構之間對職責劃分有異議的，應當主動協商解決。協商壹致的，報本級人民政府機構編制管理機關備案；協商不壹致的，應當提請本級人民政府機構編制管理機關提出協調意見，由機構編制管理機關報本級人民政府決定。
第十壹條地方各級人民政府設立議事協調機構，應當嚴格控制；可以交由現有機構承擔職能的或者由現有機構進行協調可以解決問題的，不另設立議事協調機構。為辦理壹定時期內某項特定工作設立的議事協調機構，應當明確規定其撤銷的條件和期限。
第十二條縣級以上地方各級人民政府的議事協調機構不單獨設立辦事機構，具體工作由有關的行政機構承擔。
第十三條地方各級人民政府行政機構根據工作需要和精幹的原則，設立必要的內設機構。縣級以上地方各級人民政府行政機構的內設機構的設立、撤銷、合並或者變更規格、名稱，由該行政機構報本級人民政府機構編制管理機關審批。