目前跨境電商企業會涉及的稅務風險如下：
有很多跨境電商企業由於沒有采購發票及出口資質，便沒有通過自有公司報關出口，而是通過貨代或者是物流商買單報關出口，但 買單報關是違法行為，其違法性主要表現在走私、避稅和外匯這些方面。
再者，報關行以及貨代公司為您提供買單報關服務的同時，可能也在進行配票配貨的虛假出口業務，如果您的 貨物被拿去騙稅 ，那您可能在無形中被牽涉到，可能面臨嚴重的 騙稅刑事責任風險 ：以假報出口或者其他欺騙手段，騙取國家出口退稅款，數額較大的， 處五年以下有期徒刑或者拘役，並處騙取稅款壹倍以上五倍以下罰金;數額巨大或者有其他嚴重情節的，處五年以上十年以下有期徒刑，並處騙取稅款壹倍以上五倍以下罰金。
目前部分跨境電商為了逃避高額稅負，通過第三方支付機構收匯到境內個人賬戶，規避企業所得稅。這種做法是典型的偷稅行為， 未來會面臨很大的稅務風險， 且個人賬戶頻繁交易或者有大額交易，會被銀行列入重點監控對象， 資金賬戶也有可能會被銀行凍結 。也就是說， 收匯到個人銀行賬戶，不僅可能會被銀行凍結資金，且會存在巨大的稅務風險 ，真的是得不償失啊。
未稅收入直接轉到個人賬戶，如果被稅務局認定為個人收入，按綜合所得去納稅，稅率最高為45%，稅負極高！如果是正規收匯到公司對公賬戶，還可以享受小微企業稅收優惠。
企業作為扣繳義務人，未履行代扣代繳員工個人所得稅義務的，存在著不小的 稅務風險 。如果企業被稅務局核查到未代扣代繳稅款，按照《稅收征收管理法》第六十九條規定， 扣繳義務人應扣未扣、應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對 扣繳義務人處應扣未扣、應收未收稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。
雖然納稅義務人是員工，稅務機關是向取得收入的個人納稅人追繳稅款，但企業作為扣繳義務人，沒有履行義務，也會被處以罰款。
最近這幾年，國家稅務局打擊偷稅漏稅的行動極大，誰知道哪天會不會就輪到了跨境電商呢?
大數據時代，企業經營尤其是電商企業經營會留下大量的數據信息， 跨境電商企業的經營狀況在線上就可以查證 。稅務部門只需要在跨境電商平臺上開展調查，直接對相關店鋪進行取證，就可以形成壹條完整的證據鏈。
稅務稽查風口上，唯有合規經營才能使企業 健康 發展。