(壹)稅收法規落後於跨境電子商務的發展
我國目前是嚴格按照《海關法》來實施征稅的。《海關法》第53條規定：“準許進出口貨物、進出境物品由海關依法征收關稅。”但對跨境電子商務這壹新興貿易業態的稅收征管問題並未涵蓋，法律的滯後給稅收征管帶來諸多困難。以征稅對象的界定為例，我國《海關法》雖然對貨物與物品，貨物與樣品、廣告品的征稅方法做了相關規定。但是跨境電子商務與傳統跨境貿易有著本質區別，使得很多企業和個人利用我國現階段跨境電子商務稅收法規上的空白，逃避海關手續與相關稅負。他們具體的做法是將貨物化整為零，分割成單件物品，通過物流公司轉交給客戶，將貨物變成物品或者將貨物變成貨樣和廣告品，利用貨物與物品，貨樣，廣告品的稅負差別，最終實現逃避稅款的目的。
(二)稅收管轄權的界定困難
電子商務是基於虛擬的電腦空間展開的，喪失了傳統交易方式下的地理因素，電子商務中的制造商容易隱匿其住所。這種遠程交易的發展，給稅收當局制造了許多困難。稅收權力只能嚴格的在壹國範圍內實施，網絡的這種特性為稅務機關對超越壹國的在線交易行使稅收管轄權帶來了困難。
(三)交易界定困難
目前我國跨境電子商務以貨物進出口為主，增值稅是跨境電子商務的主要稅種，交易價格也就成了征稅的重要依據。跨境電子商務實現了從生產者到消費者的直接聯系，中間環節大大減少。交易主體往往在壹瞬間完成貨款支付，並且大多數情況下並不會留下任何書面依據。這使得稅務機關難以監管商品真正的交易價格，給增值稅的征收帶來很大的困難。
(四)征稅手段難以確定
小額電子商務交易支付都是在互聯網上完成，壹般情況下消費者收到貨物時，交易就算正式結束。在這個過程中，沒有人主動去稅務機關申報納稅，也沒有所謂的代扣代繳義務人。整個征收鏈條的不完整性導致難以確定合理的征稅手段。