辦公室 、法規科(加掛龍巖市治理公路“三亂”辦公室牌子)、人事教育與科技科、財務科（加掛車輛購置附加稅征收管理辦公室牌子）、審計科、工程管理科、路政科、運輸管理安全監督科等8個職能科室和國防動員委員會交通戰備辦公室。
辦公室
檢查了解全市交通系統貫徹執行有關交通方針、政策決議、指示的情況。組織起草全市交通工作重要報告、綜合性文件；負責以局名義下發的文件和綜合性文字材料的審核把關；負責做好局機關各部門的協調工作；負責局文秘、信息、機要、保密、檔案、計算機和局機關總務、財產、房管、車管、接待等後勤管理及機關生活有關重要會議；負責抓好交通系統綜合信息宣傳、報道、精神文明建設、社會治安綜合治理、安全保衛、計劃生育等工作；負責上級局領導的有關批示和指示的督辦工作。
法規科
負責組織和指導全市交通行業政策研究工作，負責起草研究報告、行業政策性文件。負責局內外有關交通法規的協調工作。指導全市交通系統法制工作，負責交通行政復議和應拆工作。辦理交通行政復議案件。負責交通行業管理規範性審查把關工作。負責全市交通行政執法人員行政執法資格審查和交通行政執法證件的核發、年審工作。負責全市交通行政執法制服及其標誌的核發管理工作。管理、指導、監督全市交通行政執法工作，負責全市交通法制宣傳教育工作，受理本市交通行業行政執法來信來訪，負責查辦、核實、反饋工作。
人事教育與科技科
負責局機關及指導直屬單位機構編制、人事行政獎懲，勞動工資社會保險及勞動保護工作。負責按規定管理局機關及直屬單位領導班子建設、考核管理工作。負責落實知識分子政策、專業技術職稱，人才交流和智力引進工作。管理和指導全市交通行業科技及基研究工作、教育工作。擬定科技、教育發展規劃，推進科教體制改革。協調交通行業引進技術的消化吸收，開展科技成果鑒定的申報、評獎及推廣應用。開展全市交通行業人員素質教育，指導交通職業技能教育、成人歷教育和各類培訓工作。負責辦理和審核局機關及直屬單位出國（境）人員的報批手續。負責局機關離、退休人員管理工作以及對局屬單位離退休工作的指導和檢查。負責檢查、監督交通行業執行《勞動法》及基配套法規情況。負責組織全市交通系統勞動工資統計和職工勞動過程中傷亡事故以及職業病的調查、報告、統計和處理工作。組織配合交通行業技師考評上報及工人技術等級考核鑒定工作。負責交通行業社會團體的管理工作。培育和指導交通勞務市場。指導交通技校工作。負責交通人事問題來信來訪的處理工作。
財務科
負責交通行業財務會計管理工作。組織制訂全市交通行業財務會計規章制度，並檢查督促各項制度和執行情況。組織編制全市交通行業財務計劃和事業預算、定期考核檢查，分析各項財務指標，綜合編制企事業會計決算；負責局屬單位資產管理和保值的監督，指導交通行業國有資產管理工作。負責交通規費的收支管理的收支管理工作，負責交通部、國家稅務總局委托的車輛規費購置附加稅的征收工作。負責全市交通規費的各種票證保管認領、使用、銷毀的管理工作。負責交通基礎設施專項基金的籌集工作。組織實施交通行業年度投資計劃。
審計科
對本單位及所屬單位的財政、財務收支及其有關經濟活動進行審計。對局屬企業單位的國有資產保值增值，財務收支及經濟效益和對交通專項資金征收、使用及管理進行審計和審計調查。對嚴重侵犯國家資產，嚴重損失浪費等損害國家經濟利益的行為進行專項審計。對全市交通行業管理中重大的財務收支和經濟效益等問題進行審計監督。對交通行業基本建設項目進行審計。負責組織和領導直屬企事業單位的內審工作，負責組織制定全市交通部門的內部審計規章制度，編報審計計劃和統計報表。
工程管理科
貫徹落實交通基礎建設的行業政策、規章和技術標準。研究本市交通行業發展戰略，貫徹落實交通行業政策，制定交通規劃、計劃、統計規章制度和辦法。負責編制全市交通規劃、港口、航道、港站的中長期規劃和年度計劃。組織實施交通行業年度固定資產投資計劃。督促、指導項目業主開展基本建設項目工程的前期工作，對項目立項與可行性研究報告的批準提出行業審查意見和交通重點建設工程後評估工作。監督公路、水路基礎設施和維護、管理規章制度、主要定額的實施情況。組織建設項目的測量設計驗收工作，初步設計和開工報告的審查以及組織項目交工、竣工驗收。監督管理公路建設項目法人責任制、招標投標制度、工程監理制度和合同管理制度的實施。維護交通基本建設市場的平等競爭秩序。監督設計、監理、施工的招投標工作。根據公路建設監督管理辦法。具體辦理委托交通建設工程質量監督檢查，開展工程監督事宜。監督、指導公路、水路交通戰備工程的組織實施和交通扶貧工作。負責審核交通基本建設項目中的重大技術問題，組織科研攻關。監督公路、港口、航道及設施維護計劃的實施、監督、預測、信息引導。負責交通行業外資引進，加強各進口及合資項目的審核、上報工作。負責對全市交通建設設計、監理、施工等企事業的資質的審核上報等管理工作。
路政科
貫徹執行國家和省市公路路政管理的方針政策、法規，並負責監督實施。制定全市公路路政管理計劃，行使公路路政的行政管理職能，協調管理全市公路兩側建築控制區、超過公路或者公路橋梁限載標準的車輛行駛公路和公路路產管理工作，負責對在公路上非法設卡、收費的行政有關事宜，了解、調查、處理轄區內的公路路政案件，協調處理職權內公路路政行政復議案件，負責全市公路路政隊伍建設，統計、分析、上報本市公路路政管理工作各項數據。開展路政執法檢查和考核管理工作。負責全市公路路政管理人員有關的證件、標誌符號、票據等報領核發管理工作，建立健全有關檔案資料，管理好公路路政車輛器材裝備。
運輸管理安全監督科
行使交通運輸行業安全的管理職能，擬定道路、水路運輸的行業政策、規範的技術標準，負責對國家重點物資運輸和緊急運輸進行調控。負責內河安全監督管理和局屬單位安全生產管理工作。管理交通行業交通安全工作。組織指導行業環境保護工作。行使交通通訊行業管理職能。
交通戰備辦公室
貫徹執行國家和上級關於國防交通工作的方針、政策和法律、規章，擬制市有關國防交通工作的法規政策。規劃全市國防交通網路布局，受理、審核軍事部門及有關單位提出的國防要求，擬制交通運輸、港口碼頭等基本建設貫徹國家防要求的規劃、計劃。參加有關交通工程設施的勘察、設計鑒定等項目前期工作和施工管理、竣工驗收，並負責交通戰備建設資金的安排與管理。研究制定全市國防交通保障計劃和交通重點目標保障方案，組織、管理和訓練國防交通保障隊伍，為在本轄區內軍事行動和搶險救災等其他緊急任務提供交通保障。按照國家有關規定，制定和實施全市國防交通物資儲備計劃，搞好戰備物資的調整和管理，調用國防交通戰備物資。組織全市國防交通技術研究及其成果推廣、應用進行民用車輛、船舶等運輸工具加改裝準備，加強國防交通理論和對策研究。負責全市國防交通動力動員工作，掌握動力動員潛力和需求，編制動力動員預案，建立健全控管制度，組織國防交通動員自動化信息系統建設和管理。戰時組織領導全市運力員、征用和交通保障工作。指導、檢查、監督全市國防交通工作，協調處理有關問題。完成上級賦予的其他任務。