首先，概念不同
1，不含稅
指不屬於增值稅範圍的項目。
2.免稅
根據稅法相關規定，屬於原本需要征稅的稅收優惠，部分項目取得的收入免繳增值稅。
3.零稅率
壹種增值稅稅率，主要適用於納稅人的貨物出口和跨境應稅行為。零稅率計算繳納增值稅時，銷項稅額按0%的稅率計算，允許抵扣所得稅。
第二，適用時間不同
1，不含稅
沒有硬性的適用時間段。《企業所得稅法》第七條規定，收入總額中的下列收入為“不征稅收入”:財政撥款；依法收取並納入財政管理的行政事業性收費和政府性基金；國務院規定的其他不征稅收入。
2.免稅
對應稅行為適用免稅、減稅規定的納稅人，可以放棄免稅、減稅，按照規定繳納增值稅。放棄減免稅後，36個月內不得再次申請減免稅。
3.零稅率
納稅人銷售增值稅零稅率的服務或無形資產，可以放棄增值稅零稅率，選擇免稅或照章繳納增值稅。放棄適用增值稅零稅率後，36個月內不得申請適用增值稅零稅率。
第三，開具發票的權限不同。
1，不含稅
不征稅，除特殊情況外，不能開具增值稅發票。《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十壹條規定，不征收增值稅的項目不屬於增值稅的範圍，因此納稅人在取得收入時不能開具增值稅發票。
2.免稅
可以開具增值稅普通發票。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》(中華人民共和國國務院令第538號)第二十壹條和《營業稅改征增值稅試點實施辦法》(財稅[2016]36號附件1)第五十三條規定，增值稅納稅人銷售免稅貨物不得開具增值稅專用發票，只能開具增值稅普通發票。
3.零稅率
可以開具增值稅普通發票。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》(中華人民共和國國務院令第538號)第二十壹條和《營業稅改征增值稅試點實施辦法》(財稅[2016]36號附件1)第五十三條規定，增值稅納稅人銷售免稅貨物不得開具增值稅專用發票，只能開具增值稅普通發票。
擴展數據:
1.非應稅收入可以開具發票的特殊情況。
雖然融資售後回租業務中承租人出售資產是不征收增值稅的項目，但很多地區規定融資售後回租業務中承租人可以收取有形動產價款本金並開具普通發票作為出租人抵扣差額的合法有效憑證，承租人開具發票時不征收增值稅。
2.增值稅項目是指作為納稅人應納稅所得額重要組成部分的不含稅收入，只是國家為了在特定時期內實現壹定的經濟社會目標或者為了特定項目獲得的經濟利益而給予的稅收優惠待遇，並有可能在壹定時期內恢復應納稅所得額的範圍。
3.由於規定稅率為零，納稅人無需納稅。真正體現零稅率理論定義的是，增值稅對出口產品實行零稅率，即納稅人不僅可以不繳納該環節增值稅的應納稅額，還可以退還前幾個環節增值稅的應納稅額。而只有普通納稅人企業才能充分享受零稅率的好處。
參考資料:
百度百科-零稅率
參考資料:
百度百科-免稅
參考資料:
百度百科-非應稅收入