01 核定扣除農產品進項稅
《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》（財稅〔2012〕38號印發）規定，農產品增值稅進項稅額扣除率為銷售貨物的適用稅率。
因此，2019年4月1日以後，如果妳公司銷售的貨物適用增值稅稅率為13%，則對應的扣除率為13%；如果銷售的貨物適用增值稅稅率為9%，則扣除率為9%。
試點納稅人納稅申報時，應將《農產品核定扣除增值稅進項稅額計算表（匯總表）》中“當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額”合計數填入《增值稅納稅申報表附列資料（表二）》第6欄的“稅額”欄，不填寫第6欄“份數”和“金額”數據。
02憑票扣除農產品進項稅
增值稅壹般納稅購進農產品，可憑增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、農產品收購發票或銷售發票抵扣進項稅額。
增值稅壹般納稅人從農業生產者購進農業生產者自產的農產品，可依據收購發票或免稅的增值稅普通發票，按票面金額*9%計算抵扣進項稅；如果購入農產品用於加工適用13%稅率的貨物的，可以在領用時加計1%計算抵扣進項稅；
填表：小保公司為壹般納稅人的面包加工企業，2019年5月底收到購入的玉米，取得農業合作社開具銷售的壹張免稅的增值稅普通發票100000元。6月10日領用該批玉米加工面包。
該筆業務，5月購入玉米入庫時可以抵扣的進項稅=100000*9%=9000元；
6月申報時5月的增值稅時，增值稅申報表附表二第6欄次填列：
6月領用玉米用於生產適用13%稅率的面包時，該筆玉米可以加計1%的進項稅為100000*1%=1000元；
7月申報6月的增值稅時，該筆進項稅填列在附表二8a列：
增值稅壹般納稅人從小規模納稅人處購入農產品，取得開具3%的專用發票的，入庫時按發票上不含稅金額*9%計算抵扣進項稅；領用用於生產13%的貨物的，加計抵扣1%的進項稅。
增值稅壹般納稅人購入或進口農產品，取得9%的專用發票的，按發票金額認證抵扣進項稅；領用用於生產13%的貨物的，加計抵扣1%的進項稅。