二、查(或查)出本年金額時，除調整申報表“銷項”和“進項”部分的本年累計金額外，本年度累計金額在“銷項稅額合計”欄(第20欄)和“進項稅額合計”欄(第21欄)中的“計稅”部分，其他欄目也應根據下列情況分別處理:
1.如需直接補稅(退稅或扣稅後退稅)，則相應增加(或減少)“應納稅額”欄(第26欄)、“本期應納稅額合計”欄(第28欄)、“期初未繳稅款”欄(第30欄)中收(銷)稅額合計。增加或減少的進項稅額合計，以本年“實際抵扣稅額”(第25欄)累計數反映。
2、根據要求需要調整入庫前的免稅額(退稅或抵扣稅款後的退稅)，還應區分以下三種情況:
(1)若補稅金額大於企業免稅額，在申報表“上期免稅額”(第22欄)填寫0，補稅金額與企業免稅額的差額反映在“期初未繳稅款”(第30欄)欄中；“實際抵扣稅額”欄(第25欄)本年累計數，應根據本月數加上本期累計數，加上企業免稅額中多報(或少報，以負數表示)的進項稅額(即稅務檢查抵扣的免稅額)填列。
(2)體檢金額小於企業免稅額的，應根據企業免稅額與體檢金額的差額填寫申報表“上期免稅額”(第22欄)；“實際抵扣稅額”欄(第25欄)本年累計數，根據本月數加上本期累計數，加上少報(或多報，用負數表示)的銷項稅額(或企業剩余抵扣稅額中多報(或少報，用負數表示)的進項稅額填列。“納稅”部分其他欄目根據表中關系填列。
(3)根據稽查部門要求需要調整減少額的，應在申報表“上期留抵稅額”欄(第22欄)反映，減少額的處理按上述方法處理。下面舉幾個例子來說明上述填寫增值稅納稅申報表的方法。(由於抵(減)稅金額只涉及《增值稅納稅申報表》中“計稅”和“納稅”部分，我們只對這兩部分的相關欄目進行說明。
第二，欠稅的處理。
在新的申報辦法中，在申報表主表各部分單獨列出了與補稅相關的欄目，具體反映了補稅的整個計算和納稅人入庫補稅的過程。與舊方法相比，納稅申報表更全面地反映了納稅人繳納所有稅款的情況。具體:
1.由稽查部門對納稅人進行稽查，以處理欠稅情況。無論納稅期屬於當年還是以前年度，都應在收到決定的當月進行賬務處理，並在申報表的相關欄目中填寫月份數。
(1)如果少報(多報)銷售收入，多報(少報)進項稅額，則通過附信息的本期銷售明細表(表1)第6、13欄的“稅務檢查調整”進行調整，反映在本期進項明細表(表2)的“進項稅額轉出”部分。主表“適用稅率稅務檢查應納稅額”第16欄應等於表1第6欄+表2“稅務檢查減征的進項稅額”第19欄，等於本月稽查部門出具的檢查決定書中註明的適用稅率稅務檢查應納稅額。主表第22欄“簡易法計算的稅務檢查應納稅額”應等於表1第13欄。
(2)納稅人只需轉出被調查的進項稅額的，在申報增值稅納稅申報表時，應在納稅申報表主表14、16欄反映處理決定中核定的進項稅額轉出數據，並與表2“稅務檢查減記進項稅額”19欄對應。
2.納稅人對自查和納稅的處理。
(1)納稅人通過自查發現少報(多報)銷售收入、多報(少報)進項稅額的，無論納稅期間屬於當年還是以前年度，壹經發現，均在當期進行調整核算，並按正常業務處理方式填寫申報表相關欄目的月數。即納稅人發現2002年2月的銷售收入165438少報2003年6月的銷售收入100000元，應在納稅期為110的2003年6月納稅申報表中增加“應稅貨物銷售額”、“應納稅額”等欄目數。
(2)自檢調整的進項稅額轉出補稅。如果納稅人只需轉出進項稅進行自檢，則需轉出進項稅的數據應在納稅申報表主表14欄中反映月數，並對應表2中除19欄以外的其他相關欄。
3.審計管理檢查稅務問題。征收分局管理人員在日常稽查(或納稅評估)中，發現納稅人需要補稅，在申報表上填報與納稅人自查納稅相同。