海關是國家進出境監督管理機關，是壹個國家主權的象征。南京海關成立於1979年1月1日，是我國實行對外開放政策的產物。南京海關直屬國家海關總署領導，負責管理江蘇省內海關事務。
南京地處長江中下遊地區，歷史悠久，經濟發達，交通便利，是我國對外通商貿易和文化交往較早的地區之壹。因此，南京地區很早就有了具有海關性質的關津。東晉起至南朝宋、齊、梁、陳時期設在都城建康（今南京）的方山津、石頭津，是南京最早出現的略具海關雛形的管理機構，除負責征收“通關稅”、檢查違禁物品外，還負責查緝“亡叛者”，即私通“敵國”的逃犯。宋、明兩朝，南京均設有管理對外貿易的機構，如建康榷貨務、龍江關、大勝關等，專司征收船料鈔和貨物稅。清朝，還在南京地區增設了新江關、新安津、西新關，以征貨物稅為主，沿江關卡兼收船鈔。
鹹豐三年（1853），太平天國定都天京（今南京）後，在天京設置有天海關，這是中國歷史上第壹個由農民革命政權設置的海關機構。天海關設立後，執行獨立的海關政策，鼓勵正常貿易，實行輕稅政策，嚴禁鴉片進口，在促進生產，發展經濟方面發揮了重要作用。同治三年（1864），天京被清軍攻陷，天海關即告結束，前後僅存12年。
海關主權是國家主權重要組成部分。鴉片戰爭前，清政府所設的海關由自己管理，關稅完全是自主的，當時的關稅政策對增加中央政府的財政收入和抵制外國商品沖擊起到了壹定的作用。鴉片戰爭後，根據壹系列不平等條約，清政府被迫開放沿海及長江各通商口岸，帝國主義列強又藉口清政府關治腐敗，紛紛插手海關事務，最終由英國人攫取了海關最高領導權總稅務司壹職。從此，海關行政管理權、關稅自主權和稅款支配權喪失殆盡。1899年，金陵關開關，英籍總稅務司赫德任命英人安格聯為金陵關稅務司，這是南京歷史上出現的第壹個由外國人控制的海關。金陵關成立時，清政府在金陵關內設監督公署，此舉意在監督海關稅務司和管理常關，但由於海關管理權實際掌握在洋人手裏，監督公署有名無實。這壹時期，金陵關不僅實行的是壹整套西方的海關管理制度，所執行的稅率也被限制在“值百抽五”的極低水平，同時還把持了南京港務、航政、郵政等管理大權，參與搜集中國的政治和經濟情報，成為資本主義列強對中國進行政治和經濟侵略的重要工具。辛亥革命前，海關稅款雖已被用作債、賠各款的抵押，但仍由各地海關監督負責保管和支付。民國元年，列強要求各地海關稅款全部移存其指定的銀行。從此，金陵關稅款也全部移存在英商在華開設的匯豐銀行。海關自主權的喪失，是中國陷入半殖民地半封建社會的重要標誌之壹，由洋人管理海關也是南京近代半殖民地時期的海關的最重要特點之壹。
民國26年，日本帝國主義發動全面侵華戰爭，戰火蔓延江蘇，南京也於這年12月淪陷。開始，總稅務司因受英美控制，自恃關系特殊，未隨國民政府撤至重慶，並令金陵關後撤至漢口，後又轉至上海英租界處的江海關。至此金陵關的關務活動中止。民國30年，太平洋戰爭爆發後，海關管理權淪落於日本侵略者之手，轉移至上海的金陵關辦事處完全聽命於日本稅務司。民國31年，日偽成立了“南京轉口稅征收所”，次年升格為“海關轉口稅征收所南京總所”，並轄“蕪湖分所”。這壹期間，征收所的主要負責人全由日籍官員擔任，這樣，淪陷區海關已成為殖民地性質的海關。抗日戰爭勝利後，因對外貿易銳減，江蘇境內僅恢復了金陵關和連雲港支關。
中華人民***和國成立後，結束了帝國主義、封建主義、官僚資本主義在中國的統治，中央政府收回海關行政管理權和關稅自主權，建立起獨立自主的社會主義性質的人民海關。1949年南京解放後，人民政府接管了金陵關。次年，由於帝國主義實施經濟封鎖，南京的海關業務減少，金陵關奉海關總署之令撤消。此後，南京市海關業務中斷。
1978年底，中國***產黨召開十壹屆三中全會，確定了國家以經濟建設為中心，並實行對外開放的政策。江蘇省對外貿易、對外友好往來和旅遊事業迅速發展。由於南京建國後未再設關，所有海關業務要在外地，或由外地海關派員來寧辦理，難以適應和滿足江蘇省對外開放的需要。因此，在南京設關的呼聲日高。1978年9月23日，國務院批準在南京設立海關。
1979年1月1日，南京海關正式開關。南京海關始為處級海關，下設4個科室，隸屬江蘇省外貿局領導。當時海關業務單壹，主要征收進出口貨物關稅和辦理旅客行李物品驗放手續。開關第壹年，***征收關稅和進口環節稅9475元，驗放進口貨物28.4萬噸，辦理進出境旅客行李物品手續3345人次。
1980年，海關建制收歸中央，實行垂直領導體制，南京海關直屬海關總署領導，並在1984年升格為正局級關。
80年代以後，隨著江蘇省外向型經濟的蓬勃興起，南京海關業務工作、組織機構、人員隊伍都進入了全面迅速發展的歷史階段，轄區範圍已由南京1個口岸擴展到全省10個口岸。這壹時期，南京海關還陸續開辦了保稅、稽查業務，航空、鐵路、公路、長江支線輪轉關運輸業務，郵遞物品監管業務，以及強化了知識產權邊境保護、反傾銷反補貼、環境保護、防止武器擴散和口岸規劃等新職能。到1999年底，南京海關下設副局級隸屬關2個，正處級隸屬關和副處級辦事處30個，內部設有副局級和正處級機構18個，海關人員達到1800人。至此，南京海關已基本形成由總關、隸屬海關、辦事處組成，布局和層級都比較合理的海關管理機構體系，基本適應了南京及江蘇省多層次開放地帶、海陸空郵等多種運輸方式、壹般貿易及各類靈活貿易方式的監管工作需要。綜合業務量進入全國海關前10名，成為海關系統的大關。1999年，征收關稅和進口環節稅115.99億元，監管進出境貨物3599.43萬噸，驗放旅客行李物品193903人次。
南京海關建關20年來，認真貫徹海關“促進為主”的工作方針，堅持為改革開放服務，堅持為經濟建設服務，堅持深化業務改革，通過嚴格依法行政，履行為國把關的海關職能，為促進外貿事業發展，維護正常進出口秩序作出了積極努力。1993年10月，壹批化工廢料由韓國運抵南京，在上元門碼頭被南京新生圩海關查獲，這是建國以來中國海關查獲的第壹起“洋垃圾”走私進口案件，這起案件引起國家高度重視，後經外交途徑將“洋垃圾”退運出境，南京新生圩海關因此受到國家環保局、海關總署的通令表彰。此後，海關的環境保護職能得到加強。在隊伍建設和隊伍管理上，南京海關貫徹“從嚴治關”方針，積極開展清除執法腐敗、創建文明窗口和文明行業活動，到1999年，南京已有7個壹線崗位被授予“青年文明號”和文明窗口。南京海關還積極推進現代海關制度的建立，加大業務改革力度，運用科技手段加強對進出口貨物的監管，打擊騙匯、騙稅等違法犯罪活動。1998年10月，南京海關實施通關作業改革，采用H883/EDI自動化報關系統，關區範圍內實現了計算機聯網和集中審單，極大地方便了進出口企業，新的通關作業模式已與國際慣例接軌。
1999年1月8日，南京海關走私犯罪偵查分局正式成立。組建緝私警察隊伍，是黨中央、國務院對我國緝私體制進行改革的重大決策。緝私警察隊伍專司打擊走私犯罪活動，具有刑事執法權力，實行海關總署和公安部雙重領導，以海關總署為主的管理體制。南京海關走私犯罪偵查分局成立後，在打擊走私犯罪活動中發揮了重要作用，僅1999年1月至12月，就立案查處走私案件24起，抓獲走私犯罪嫌疑人54名，經檢察機關批準逮捕28名。