南通市國家稅務局主管本地區國家稅收，主要職責是：
(壹)貫徹執行國家的稅收法律、法規、規章和省有關規定，結合本地區實際，研究制定具體的實施辦法。
(二)負責本地區各項國家稅收收入計劃的編制、分配和考核工作。
(三)組織實施《中華人民***和國稅收征管法》和國家稅務總局、省局各項稅收征管規章制度，積極推進稅收征收管理體制改革，強化國家稅收執法職能。
(四)負責本地區國稅系統征收的各項稅種的征收管理和稽查工作；負責地方政府委托征收的各項地方稅、基金和專項收入的征收管理工作；負責增值稅專用發票、普通發票和其他稅收票證的管理工作；協助做好註冊稅務師的管理工作。
(五)負責本地區進出口稅收和涉外稅收的管理工作。
(六)監督檢查納稅人遵守國家稅收法律法規、依法納稅情況，嚴肅查處偷騙稅。
(七)負責本地區國稅系統行政處罰聽證、行政復議和訴訟工作，加強稅收法制建設。
(八)監督檢查本地區各級國稅機關及其工作人員執行國家稅收法律法規、依法行政情況。
(九)管理本地區國稅系統的人事、勞動工資、機構編制；管理縣(市)級國家稅務局的正副局長及相應級別的幹部，負責全市各級國稅機關的領導班子建設、公務員制度實施。
(十)負責本地區國稅隊伍的教育培訓、思想政治工作、精神文明建設和基層建設。
(十壹)負責本地區國稅系統黨風廉政建設、紀檢、監察和黨群工作。
(十二)負責本地區國稅系統稅收會計、統計工作，負責經費財務、基本建設、資產管理和政府采購工作，負責審計工作。
(十三)負責本地區國稅系統稅收信息化、現代化工作的規劃和實施，建設和管理信息系統。
(十四)研究稅收理論和稅收政策，分析稅收信息，掌握稅收動態，組織稅法宣傳，開展稅收咨詢。圍繞本地區經濟工作，發揮稅收調控和監督職能，為發展市場經濟和社會事業服務。
(十五)承辦上級國家稅務局和市委、市政府交辦的其他事項。
部門設置