內部控制與內部審計之間存在著內在聯系，相互依存，相互促進。
1.內部審計是內部控制不可或缺的壹部分
內部審計是為適應加強內部經濟監督管理的需要而逐步發展起來的，是企業內部的壹項獨立評價工作。它通過檢查會計、財務和其他業務，為管理層提供咨詢和建議。內部審計作為監督的重要角色，被置於整個內部控制的更高層次。
2.內部審計是對內部控制的控制。
內部審計是全面檢查和監督內部控制系統的專門機構。它獨立於會計控制之外，發揮著其他部門或控制無法替代的重要作用。目前，內部審計的範圍已經從傳統的財務收支審計擴展到經營管理的各個方面。按照國際慣例，內部審計通常代表管理層對整個企業內部控制制度的健全性、有效性和合規性進行評價，因此也是對內部控制的控制。
在我國，內部審計是指由被審計單位的內部機構或人員對其內部控制的有效性、財務信息的真實性和完整性以及經營活動的效率和效果進行的評價活動。內部審計不僅是內部控制體系的重要分支，也是實現內部控制目標的重要手段。我國《企業內部控制基本規範》指出，“內部控制是企業董事會、監事會、經理層和全體員工為實現控制目標而實施的過程”。
二，內部審計在內部控制中的重要作用
1.內部審計的主要職能是評價內部控制的有效性。
內部審計人員應熟悉企業管理風格、企業文化、會計核算、控制程序等方面，了解各項業務活動的關鍵控制點；另外，它相對獨立，在企業中地位較高，這使得評價內部控制的有效性成為可能。
2.內部審計的日常工作是監督內部控制的運作。
為了保證企業相應的管理制度、措施和程序得到全面、準確的執行，必須有監督。內部審計不直接參與企業中的相關經濟活動，處於相對獨立的地位，但它始終在各項管理活動中。實施內部監督是最好的選擇，因為它熟悉企業內部的各種業務，對事件有更好的了解。財政部發布的《內部會計控制規範——基本規範(試行)》規定:“單位應當重視對內部會計控制的監督檢查，由專門機構或者人員負責對內部會計控制的實施進行監督檢查，確保內部會計控制的實施。”雖然沒有明確由誰來進行監督檢查，但理論上或實踐中由內部審計部門和內部審計人員來承擔這壹責任更為合適。
3.內部審計師可以提供管理咨詢服務。
由於內部審計師在內部控制中發揮著重要作用，為企業相關部門或員工提供管理咨詢就成為了內部審計師理所當然的“服務”。當擁有眾多二級、三級子公司的大型房地產企業(母公司或總公司)難以對下屬公司進行有效管控時，這種“服務”就顯得尤為必要。內部審計的壹個重要職能是為以下兩者提供內部控制方面的咨詢服務:壹是母公司或總公司的職能部門(如房屋銷售部門希望對貸款回收進行有效管理，能夠得到內部審計人員的中肯意見)；二是下級公司的管理權限(比如分公司的經理向上壹級的內部審計機構咨詢如何在分公司建立良好的內部控制)。
第三，如何發揮內部審計在內部控制中的更大作用
1.進壹步提高內部審計的地位
人力資源配置需要進壹步發展，以適應企業發展的需要。企業內部控制的目標是保證經營活動的效率和效果、資產的安全以及經濟信息和財務報告的可靠性。因此，加強企業內部審計制度是完善內部控制的重要組成部分，內部審計對完善內部控制非常重要。企業應當建立相應的內部審計機構，建立健全內部審計監督制度，指定專門機構或者人員從事審計工作，賦予內部審計機構和審計人員充分的權利，監督內部控制制度，檢查內部控制的執行情況，評價各級管理層的財務活動和管理活動，確保企業內部控制制度更加完善和嚴格，充分發揮其在企業內部控制制度設計和有效運行中的積極作用。
2.掌握適當的審計測試方法。
內部審計對內部會計控制體系常用的測試方法包括:健全性測試、符合性測試和真實性測試。穩健性測試主要是指對內部會計控制制度的調查和描述。目的是比較和評價內部控制程序是否適當，措施是否有效，方法是否科學，流程是否規範。合規性測試是指內部審計人員在內部會計控制制度健全性測試後，根據企業制定的內部控制制度，對業務管理流程和財務會計活動進行檢查，以確定這些控制環節是否真實存在、控制措施是否落實、是否壹致、是否失控；目的是檢查現行內部控制制度的實施效果，確定制度的可靠性。真實性檢驗又稱實質性檢驗，包括檢查、取證、判斷和評價。其目的是獲取足夠的審計證據，對照審計標準進行分析，找出重大缺陷和低效的原因及其對企業管理的影響。
3.做好內部會計控制制度的分析和評價。
對內部會計控制制度的分析和評價應從兩個方面入手。第壹，從內部會計控制的具體構成和薄弱環節來看，可以分為:(1)控制環境評價、風險評估、控制活動、信息與溝通、內部監控等構成；(2)評估可能導致錯誤、欺詐和其他違規行為的薄弱控制環節。第二，從內部會計控制制度的執行情況來看，包括:合理性評價、健全性評價和有效性評價。
4.培養和使用高素質的內部審計人員。
企業內部審計人員應博采眾長，廣泛吸收國內外先進的內部審計技術和方法。他們不僅要有紮實的財務、管理和法律知識的基礎知識和技能，還要有良好的書面表達和人際交往能力。企業管理層要改變內審崗位只需要懂點財務知識的觀念，為內審機構配置高素質的人員。
5.應盡快實施內部審計的計算機輔助審計。
我們必須盡快實現審計軟件的購買和應用培訓，並在審計實施中使用。利用審計軟件將子公司的財務數據導入審計系統進行分析，不僅可以完整、全面地了解子公司的情況，還可以減少在查找各種憑證時對子公司正常工作的影響，滿足企業決策者實時監控的需要