從自治區有關部門收取的政府性基金（收費、附加）中提取3％。應提取水利建設基金的政府性基金（收費、附加）項目包括：汽車養路費、公路建設基金、自治區管理的車輛通行費、公路運輸管理費、區級單位駕駛員培訓費、自治區工商部門集中的市場管理費、個體工商戶管理費、地方分成的電力建設基金、自治區土地部門集中的征地管理費。第四條 市縣級水利建設基金的來源：
（壹）從市縣有關部門收取的政府性基金（收費、附加）中提取3％。具體項目包括：拖拉機養路費、市縣管理的車輛通行縣、市縣工商部門留成的市場管理費、個體工商戶管理費、市（地區）、縣單位駕駛員培訓費、市政設施配套費、市縣土地部門留成的征地管理費。
（二）有重點防洪任務的城市應從征收的城市維護建設稅中劃出不少於15％的資金，用於城市防洪建設。具體比例由市、縣政府確定。
我區有重點防洪任務的城鎮有：銀川市、石嘴山市、吳忠市、固原縣、青銅峽市、靈武市、中寧縣、平羅縣、惠農縣、陶樂縣、海原縣、彭陽縣。第五條 水利建設基金征收
（壹）自治區地方基金征收局負責自治區級水利建設基金的征收，地方稅務部門（未設地稅局的縣，由國稅局代征）負責市縣級水利建設基金的征收。其中：養路費、公路建設基金、公路運輸管理費、地方分成的電力建設基金按季征收，車輛通行費、駕駛員培訓費（地區駕駛員培訓費由所在縣、市征收）、市場管理費、個體工商戶管理費、征地管理費、市政設施配套費按月征收。
（二）地方稅務部門和自治區地方基金征收局征收水利建設基金須到自治區財政廳辦理《基金征收許可證》，使用自治區財政廳統壹印制的收費票據。
（三）有繳納水利建設基金義務的部門應在季末或月末15日內交清基金，逾期不繳的，按每日千分之三交納滯納金。
（四）納入財政管理的政府性基金（收費、附加），繳納水利建設基金後再按規定納入財政預算或財政專戶管理。
（五）稅務部門和自治區地方基金征收局各按照征收入庫的水利建設基金數額的3％提取手續費，由財政部門按季核撥給征收部門，專項用於水利建設基金的征收業務開支。第六條 水利建設基金首先要用於現有的水利工程建設，具體使用範圍：
（壹）自治區級水利建設基金專項用於：自治區重點水利工程建設基金，自治區重點河流的治理，自治區重點水土流失防治工程建設，重點防洪設施建設和維護，自治區水利工程更新改造，其他經自治區人民政府批準的水利工程項目。
（二）市縣級水利建設基金專項用於：市縣重點水利工程建設項目，小流域治理，山洪治理，渠道、溝道、水庫、灌排泵站的更新改造和自治區大型水利工程的配套建設，其他經市縣政府批準的水利工程項目。
跨市縣的水利工程項目由自治區有關部門按照“誰受益、誰負擔”的原則負責統壹規劃協調。第七條 水利建設基金屬於政府性基金，按照《國務院關於駕駛預算外資金管理的決定》（國發［1996］29號）的規定，納入同級財政預算管理，專款專用。自治區級水利建設基金的使用，由自治區水利廳根據水利建設發展規劃，於每年年初提出年度使用計劃，經自治區財政廳審核後撥付資金；市縣級水利建設基金的使用，由市縣水利部門提出年度使用計劃，經市縣財政部門審核後撥付資金，並將年度使用計劃分別報自治區水利廳、財政廳備案。其中，用於水利工程基本建設的水利建設基金，要分別納入自治區和市縣基本建設投資計劃，按基本建設程序實行項目管理。每年年初由水利部門向計劃部門提出年度項目計劃建議，由計劃部門審核後統壹納入基本建設投資計劃。財政部門根據政府批準下達的基本建設投資計劃按進度撥付資金，並進行財務監督。水利建設基金實行專款專用，年終結余可結轉下年度安排使用。