壹、當前涉合作社稅收優惠政策梳理
增值稅。《財政部、國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅[2008]81號）規定：對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅；增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額；對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。《中華人民***和國增值稅暫行條例實施細則》(2009年1月1日起施行)規定：農業生產單位和個人銷售自產的初級農產品可以免征增值稅，包括種植業、養殖業、林業、牧業和水產業。《財政部、國家稅務總局關於若幹農業生產資料征免增值稅政策的通知》(財稅[2001]113號)規定：對種子、種苗、化肥、農藥、農機、農膜等貨物的批發和零售實行免征增值稅。《中華人民***和國增值稅暫行條例》(2009年1月1日起施行)規定：納稅人銷售或者進口糧食、食用植物油及飼料、化肥、農藥、農機、農膜可以享受13％的增值稅優惠稅率；直接用於科學研究、科學試驗和教學的進口儀器、設備，免征增值稅。《海關總署關於進口種子、種畜、魚種和非盈利性野生動植物種源免征進口環節增值稅的通知》(署稅[1997]3l號)規定：進口用於在農業、林業、牧業、漁業生產的科學研究的種子、種畜、魚苗，可以暫免征收進口環節的增值稅；改良種用的馬、驢、牛、豬、羊、家畜、魚苗、大麥、燕麥、高梁等農產品，最惠國最低稅率為零。《財政部、國家稅務總局關於部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知》(財稅[2009]9號)規定：增值稅壹般納稅人銷售、進口農業產品，可以按13%的低稅率征收增值稅。
印花稅。《財政部、國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅[2008]8l號)規定：對農民專業合作社與本社成員簽訂的農業產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。《中華人民***和國印花稅暫行條例施行細則》 (財稅字[1988]第225號)第十三條規定：國家指定的收購部門與村民委員會、農民個人書立的農副產品收購合同，免征印花稅。《國家稅務局關於對保險公司征收印花稅有關問題的通知》(國稅地字[1988]37號)規定：農林作物、牧業畜類保險合同，免征印花稅。
企業所得稅。《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》(2008年1月1日起施行)第八十六條規定，企業所得稅法第二十七條第(壹)項規定的企業從事農、林、牧、漁業項目的所得，可以免征、減征企業所得稅，是指：(壹)企業從事下列項目的所得，免征企業所得稅：1．蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；2．農作物新品種的選育；3．中藥材的種植；4．林木的培育和種植；5．牲畜、家禽的飼養；6．林產品的采集；7．灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目；8．遠洋捕撈。(二)企業從事下列項目的所得，減半征收企業所得稅：1．花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；2．海水養殖、內陸養殖。按照財政部對全國人大代表有關建議的答復(財農便[2009]20l號)，農民專業合作社參照企業所得稅法關於壹般企業的規定，享受企業所得稅的減免政策。
個人所得稅。《財政部、國家稅務總局關於農村稅費改革試點地區有關個人所得稅問題的通知》(財稅[2004]30號)規定：農村稅費改革試點期間，取消農業特產稅、減征或免征農業稅後，對個人或個體戶從事種植業、養殖業、飼養業、捕撈業，且經營項目屬於農業稅(包括農業特產稅)、牧業稅征稅範圍的，其取得的“四業”所得暫不征收個人所得稅。
營業稅。《中華人民***和國營業稅暫行條例》(2009年1月1日起施行)第八條第五款規定：農業機耕、排灌、病蟲害防治、植物保護、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治，免征營業稅。按照財政部對全國人大代表有關建議的答復(財農便[2009]201號)，農民專業合作社參照營業稅暫行條例等關於壹般企業的規定，享受營業稅的減免政策。
城鎮土地使用稅和房產稅。《中華人民***和國城鎮土地使用稅暫行條例》(1988年11月1日起施行，2006年l 2月31日修改)第六條規定：直接用於農、林、牧、漁業的生產用地免城鎮土地使用稅，由財政部另行規定免稅的水利設施用地免城鎮土地使用稅。《國家稅務總局關於調整房產稅和土地使用稅具體征稅範圍解釋規定的通知》(國稅發[1999]44號)規定：對農林牧漁業用地和農民居住用房屋及土地，不征收房產稅和土地使用稅。
耕地占用稅。《中華人民***和國耕地占用稅暫行條例》 (2008年1月1日起施行)第十條規定：農村居民占用耕地新建住宅，按照當地適用稅額減半征收耕地占用稅；第十四條規定：建設直接為農業生產服務的生產設施占用的農用地(林地、牧草地、農田水利設施用地、養殖水面以及漁業水域灘塗等)，不征收耕地占用稅。
契稅。《中華人民***和國契稅暫行條例細則》(財法字[1997]52號)第十五條規定：納稅人承受荒山、荒溝、荒丘、荒灘土地使用權，用於農、林、牧、漁業生產的，免征契稅。
車船稅和車輛購置稅。《中華人民***和國車船稅暫行條例》(2007年1月1日起施行)第三條規定：拖拉機，捕撈、養殖的漁船，可以免征車船稅。《財政部、國家稅務總局關於農用三輪車免征車輛購置稅的通知》(財稅[2004]66號)規定：對農用三輪車免征車輛購置稅，農用三輪車是指：柴油發動機，功率不大於7.4kw，載重量不大於500kg，最高車速不大於40km／h的三個車輪的機動車。
關稅。《財政部、國家稅務總局關於農業部2010年度種子(苗)種畜(禽)魚種(苗)和種用野生動植物種源免稅進口計劃的通知》(財關稅[2010]11號)規定：進口用於在農業、林業、牧業、漁業生產的科學研究的種子、種畜、魚苗，改良種用的馬、驢、牛、豬、羊、家畜、魚苗、大麥、燕麥、高梁等農產品可以享受零關稅。