1、發票的印制要求不同：增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票，按照國務院主管部門的規定，分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2、發票使用的主體不同：增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批準後由當地的稅務機關代開。
普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。
3、發票的內容不同：增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
4、發票的作用不同：增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證；而普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的壹律不予作抵扣用。
擴展資料：
為了進壹步深化稅務系統“放管服”改革，優化稅收營商環境，方便新辦納稅人首次申領增值稅發票，按照國務院關於進壹步壓縮企業開辦時間的要求，稅務總局發布本公告，壓縮新辦納稅人首次申領增值稅發票時間。
同時滿足下列條件的新辦納稅人首次申領增值稅發票，主管稅務機關應當自受理申請之日起2個工作日內辦結，有條件的主管稅務機關當日辦結：
1、納稅人的辦稅人員、法定代表人已經進行實名信息采集和驗證(需要采集、驗證法定代表人實名信息的納稅人範圍由各省稅務機關確定)。
2、納稅人有開具增值稅發票需求，主動申領發票。
3、納稅人按照規定辦理稅控設備發行等事項。
新辦納稅人首次申領增值稅發票主要包括發票票種核定、增值稅專用發票(增值稅稅控系統)最高開票限額審批、增值稅稅控系統專用設備初始發行、發票領用等涉稅事項。
稅務機關為符合本公告第壹條規定的首次申領增值稅發票的新辦納稅人辦理發票票種核定，增值稅專用發票最高開票限額不超過10萬元，每月最高領用數量不超過25份；增值稅普通發票最高開票限額不超過10萬元，每月最高領用數量不超過50份。
各省稅務機關可以在此範圍內結合納稅人稅收風險程度，自行確定新辦納稅人首次申領增值稅發票票種核定標準。
參考資料:新華網---國家稅務總局解讀新辦納稅人首次申領增值稅發票事項