根據《國家稅務總局關於企業合並、分立業務有關所得稅問題的通知》（國稅發[2000]119號）企業合並業務的所得稅應根據合並的具體方式處理。（1）企業合並，通常情況下，被合並企業應視為按公允價值轉讓、處置全部資產，計算資產的轉讓所得，依法繳納所得稅。被合並企業以前年度的虧損，不得結轉到合並企業彌補。合並企業接受被合並企業的有關資產，計稅時可以按經評估確認的價值確定成本。被合並企業的股東取得合並企業的股權視為清算分配。合並企業和被合並企業為實現合並而向股東回購本公司股份，回購價格與發行價格之間的差額，應作為股票轉讓所得或損失。（2）合並企業支付給被合並企業或其股東的收購價款中，除合並企業股權以外的現金、有價證券和其他資產（以下簡稱非股權支付額），不高於所支付的股權票面坐標（或支付的股本的賬面價值）20%的，經稅務機關審核確認，當事各方可選擇按下列規定進行所得稅處理：①被合並企業不確認全部資產的轉讓所得或損失，不計算繳納所得稅。被合並企業合並以前的全部企業所得稅納稅事項由合並企業承擔，以前年度的虧損，如果未超過法定彌補期限，可由合並企業繼續按規定用以後年度實現的與被合並企業資產相關的所得彌補。具體按下列公式計算：某壹納稅年度可彌補被合並企業虧損的所得額=合並企業某壹納稅年度未彌補虧損前的所得額×（被合並企業凈資產公允價值÷合並後合並企業全部凈資產公允價值）。②被合並企業的股東以其持有的原被合並企業的股權（以下簡稱舊股）交換合並企業的股權（以下簡稱新股），不視為出售舊股，按購買新股處理。被合並企業的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎確定。但未交換新股的被合並企業的股東取得的全部非股權支付額，應視為其持有的舊股的轉讓收入，按規定計算確認財產轉讓所得或損失，依法繳納所得稅。③合並企業接受被合並企業全部資產的計稅成本，須以被合並企業原賬面凈值為基礎確定。（3）關聯企業之間通過交換普通股實現企業合並的，必須符合獨立企業之間公平交易的原則，否則，對企業應納稅所得造成影響的，稅務機關有權調整。（4）如被合並企業的資產與負債基本相等，即凈資產幾乎為零，合並企業以承擔被合並企業全部債務的方式實現吸收合並，不視為被合並企業按公允價值轉讓、處置全部資產，不計算資產的轉讓所得。合並企業接受被合並企業全部資產的成本，須以被合並企業原賬面凈值為基礎確定。被合並企業的股東視為無償放棄所持有的舊股。
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