公司清算期間，需要逐步解除與全體員工的勞動合同，因此很可能會引起員工的強烈不滿，甚至引起員工的過激反應(包括向有關部門申訴、侵占、破壞公司財產等破壞公司清算進度的行為)。此外，在清算期間，公司可能需要保留壹些員工(如會計)為其工作。因此，何時以及如何解除與員工的勞動合同，是清算過程中的壹個重點和難點。因此，我們建議在公司進入清算程序後，不必匆忙公布員工安置方案。壹方面要適當考慮員工的反應，本著公平合理的原則，研究制定雙方都能接受的安置方案；另壹方面，要加快公司資產的清查，安排妥善的保管措施。對於那些暫時被留用的員工，我們要和他們做好溝通，保證他們在清算期間的待遇，或者盡可能安排他們以後的工作，讓他們繼續全心全意為公司工作。在制定了比較完善的安置方案後，如果被清算企業有工會，可以先與工會協商，取得其理解和支持。然後可以把公司的員工按照行政人員和生產人員分成幾批，壹個壹個和他們溝通協商。應保障員工應得的福利，補償公司欠員工的加班費和其他補貼。在此基礎上，應分批解除與這些員工的勞動合同。
第二，公司財產被侵占破壞。
在清算過程中，由於清算委員會對被清算企業的具體情況不是很了解，企業的財產有可能被占用和破壞。具體分為:
1.員工可能因為清算委員會要與他們解除勞動合同，對公司懷恨在心，而乘機侵占或破壞公司財產；
2.清算委員會成員不得以權謀私，謀取非法收入或者侵占公司財產。在第壹種情況下，員工可能會占用少量但有價值的生產資料(如工具、原材料、辦公用品)；第二種情況，清算委員會成員在編制財產清單時，可能會通過記下壹些有價值的財產，或者將被清算企業的財產低價買給自己的親友等方式侵占公司財產。對此，我們建議清算開始後，清算委員會壹方面安撫員工情緒，減少員工侵占公司財產的可能性，另壹方面盡快對公司資產進行清查，最好再聘請壹名保安看管公司資產。另外，清算委員會成員之間也要互相監督，財產的處置要由清算委員會集體討論決定，避免出現清算委員會個別成員利用職權侵占公司財產的情況。
第三，公司貨物和文件的損失
在清算過程中，由於清算委員會接管了被清算企業，公司的壹些物品和文件可能會在交接過程中丟失，而這些物品和文件很可能對被清算企業非常重要。比如企業的發票本丟失，會被稅務局處罰；企業合同丟失，可能無法準確核對債權債務；公司營業執照和公章丟失可能影響正常清算。因此，我們建議清算委員會接管被清算企業後，應首先接管企業的以下項目和文件:
1，所有公章、財務章等重要印章；
2.營業執照、稅務登記證、海關登記證等重要證件；
3、合同、發票、財務賬冊、憑證等重要文件。
4.免稅和保稅進口貨物的處理
根據《中華人民共和國和中華人民共和國海關關於外商投資企業進出口貨物監管和免稅的辦法》，外商投資企業可以依法免稅、保稅進口部分設備、生產車輛、原材料、燃料、零配件。但根據《辦法》第十八條規定，這些免稅物品有海關監管期限，在此期限內，未經海關許可，原則上不得出售、抵押、轉讓或者移作他用。如果公司在監管期內進入清算程序，該部分監管事項的處理如下:
1.出售給同樣可以享受優惠政策的外商投資企業的，須先在審批機關辦理批準手續，再在海關辦理結轉手續；
2.賣給國內其他企業的，應經海關批準，並按其使用年限繳納折舊；
3.外國投資者如需將進口貨物退運出境，還需在海關辦理審批手續，獲得批準後，方可退運出境。綜上所述，仍在監管中的保稅貨物，無論是銷售給境內企業、外商投資企業，還是退運境外，都必須經過海關批準，並辦理相關手續。因此，公司進入清算程序後，清算委員會在清點資產時如發現保稅貨物，應在決定處置方案後，及時與海關和審批機關聯系，辦理相關審批手續。
第四，資產處置問題
在清算程序中，所有債權人均以貨幣分配，非貨幣的企業財產必須通過變賣轉化為貨幣。這個“轉化”過程是被清算企業財產分配的前提。在資產處置過程中，由於清算委員會需要在短時間內將被清算企業的資產(特別是壹些大型設備、廠房等生產資料)盡可能地變成貨幣，這些生產資料很難發揮其作為單壹個體的原有作用，也很難盡快以較高的價格出售。因此，我們建議盡量采用整體銷售法。生產資料的整體銷售可以充分發揮其整體效益，獲得更大的利益。因此，出售成套設備，甚至所有設備或陸地植物連同設備整體出售，是壹種較好的變現方式。
法律依據
企業破產法
第七十條債務人或者債權人可以依照本法規定，直接向人民法院申請對債務人進行重整。
債權人申請對債務人進行破產清算的，在人民法院受理破產申請後，宣告債務人破產前，債務人或者出資額占債務人註冊資本十分之壹以上的投資人，可以向人民法院申請重整。