事業單位在編和不在編的主要區別有:
第壹:合同。在編員工很多是長期合同或者無固定期限合同，由用人單位直接簽訂；沒有編制的員工合同，大部分是派遣公司的代理，也就是所謂的勞務輸出。即使用人單位簽了合同，也是短期合同。
第二:社會保險(包括社保、醫療、公積金等。).在編享受用人單位統壹繳費標準；如果是勞務派遣公司簽訂的合同，由勞務派遣公司支付。(其實差別不大，因為福利發放主要是國家規定的。)
三、福利(包括節日慰問、年貨、旅遊等。)員工充分享受用人單位的福利政策；不在編的員工享受壹些福利。
第四:節假日沒有區別。都符合國家規定。
第五:推廣。在編員工根據工齡和能力(社會背景)有壹定的晉升空間，原則上不在晉升範圍內。