現行行政事業單位會計制度根據預算外資金的管理模式，確定了三種不同的核算方法。
壹是納入財政預算管理的，用“預算內應付款”和“預算外收入”科目核算。行政事業單位收到應上繳的收入時，借記“銀行存款”，貸記“應付預算”；收到財政專戶撥付的單位預算外資金時，借記“銀行存款”等相關科目，貸記“預算外收入”。
二是納入財政專戶管理的，用“財政專戶應付款”和“預算外收入”(事業單位為“業務收入”)科目核算。收到應上繳財政專戶的收入時，借記“銀行存款”，貸記“應付財政專戶”；收到財政專戶撥付的單位預算外資金時，借記“銀行存款”等相關科目，貸記“預算外收入”(事業單位貸記“業務收入”)。
三是未按規定上繳國庫的其他收入，通過“其他收入”科目核算。這類收入主要包括行政單位在經營活動中取得的零星雜項收入、有償服務收入、有價證券和銀行存款利息收入、事業單位對外投資收入、固定資產出租、其他單位捐贈無限使用的財產、其他單位補助和其他零星雜項收入。